Annie Jump Cannon nació el 11 de diciembre de 1863 en Dover, Delaware. Annie era la mayor de tres hermanos del matrimonio Cannon. Su padre, Wilson Cannon, era senador y constructor de barcos que vivía con su segunda esposa, Mary Jump. Fue precisamente Mary, la madre de Annie, quien despertó e impulsó el amor de su hija hacia las estrellas y el mundo de la astronomía. Era una niña cuando Mary le descubrió las constelaciones.
En 1880 marchó a Massachussets a estudiar en el prestigioso Wellesley College, una institución educativa femenina de carácter liberal, Annie estudió matemáticas, biología y física. Entre sus profesoras, tuvo la suerte de contar con la astrónoma Sarah Frances Whiting. Cuatro años después se graduaba en física y volvía a su hogar en Delaware. En 1892, animada de nuevo por su madre, la joven emprendió un viaje por Europa en el que se dedicó a observar el cielo desde este otro lado del mundo. Fotografió las estrellas, las constelaciones e incluso un eclipse solar, creando un amplio catálogo de imágenes.
Poco tiempo después, Annie enfermó de escarlatina, cuya principal consecuencia fue una sordera aguda que la aisló del mundo e hizo de ella una mujer introvertida que solamente era feliz con sus estrellas.
Cuando en 1894 fallecía su madre, Annie, sumida en la tristeza y necesitada de encontrar su propio destino, decidió volver a Massachusets y pedir a su antigua profesora Sarah Frances Whiting un puesto como profesora. Empezaba entonces una nueva vida para Annie quien, además de enseñar física, ella misma continuó estudiando y perfeccionando sus conocimientos sobre medidas espectroscópicas.
Tras pasar por el Radcliffe College donde estudió astronomía, el astrónomo Edward C. Pickering la contrató como asistente del Observatorio de Harvard. En 1896 Annie se convertía en miembro de las "Pickering's Women", un equipo de mujeres que debía completar el catálogo de Henry Draper de estrellas. La viuda de Draper, Anna Draper, formaba parte del equipo, un grupo de mujeres que en aquel tiempo fueron criticadas por dedicarse a una disciplina propia de hombres.
Tras años de estudio, Annie desarrolló un sistema mnemotécnico para catalogar y recordar su clasificación de estrellas. El sistema utilizafa las primeras letras de cada palabra de esta frase: Oh Be a Fine Girl, Kiss Me.
En 1901 Annie Jump Cannon publicaba su primer catálogo estelar. Desde entonces y hasta el final de sus días, Annie dedicó su vida a escribir libros y a participar en conferencias y encuentros de mujeres científicas para defender su papel en un mundo tradicionalmente masculino. Su trabajo tuvo como principal recompensa que la Unión Astronómica Internacional adoptara en 1922 su sistema de clasificación estelar que, con alguna pequeña variación, aún se sigue utilizando.
Annie Jump Cannon fallecía el 13 de abril de 1941 en Cambridge, Massachusetts. Solamente un año antes se había retirado.
Atrás quedaba toda una vida dedicada a la ciencia y a la reivindicación de la mujer en el mundo de la astronomía, luchando para que ellas también pudieran estudiar las estrellas recibiendo el mismo respeto que los hombres.