El agua entró primero por la desembocadura del Tajo, el área entre Junqueira y Alcántara en la parte occidental de la ciudad resultó ser el más dañado por la onda, pero la mayor destrucción se produjo en el sentido que iban las olas, ascendiendo por el río. El Cais de Pedra en Terreiro do Paço y la zona donde estaba la aduana queda completamente plano. En esta zona las olas llegaron a lo más alto, a los 6 metros. En la ciudad de Cascais, situada a unos 30 km al norte de Lisboa las olas destruyeron varios barcos y cuando el agua se retiró quedaron a la vista el mar de fondo en el que quedaban encalladas los restos de los edificios y barcos. En Setúbal, al sur de la ciudad el agua llegó hasta el primer piso de los edificios. Lisboa y sus alrededores sufrieron muchos destrozos, pero la mayor destrucción se dio en el Algarve, al sur de Portugal, en las ciudades costeras los efectos destructivos de lo que ahora conocemos como tsunami, fueron mucho más desastrosas que las del mismo terremoto.
Cádiz, Huelva también sufrieron el tsunami, las olas penetraron en el río Guadalquivir llegando hasta Sevilla. En Gibraltar, el mar se levantó de repente unos dos metros. El mar Mediterráneo disminuyó rápidamente, y también causó grandes daños en la costa de Marruecos, desde Tánger, donde las olas llegaron a las fortificaciones amuralladas, hasta Agadir, donde las aguas atravesaron las paredes y mató a muchos ciudadanos. Con menos intensidad el tsunami llegó hasta las costas de Francia, Gran Bretaña, Irlanda, Bélgica y Holanda. En Madeira y en las Azores también el daño fue mucho, incluso el tsunami llegó a cruzar el Océano Atlántico, llegando a las Antillas por la tarde. Allí el mar subió más de un metro, seguido de grandes olas.
Como no era suficiente caos un terremoto con su posterior tsunami, en los barrios donde no llegó el agua empezó el fuego. Varios incendios estallaron, gracias a las cocinas y a las velas encendidas. Algunos de ellos se extinguieron con rapidez, sin embargo muchos huyeron de sus hogares sin intentar sofocarlos. Las estrechas calles de la ciudad estaban llenas de los escombros caídos, e impedían que se llegase a los lugares incendiados. Las plazas acogían a la gente y a las pocas pertenencias que habían podido salvar, pero a medida que el fuego se iba acercando las plazas fueron abandonadas. Los saqueadores aparecieron con rapidez, y aprovechaban incendiar casas que no habían sufrido daños para aprovechar la ocasión del pillaje. Al final los incendios se extendieron durante 5 días. Todo el centro de la ciudad, desde San Roque a San Pablo, desde Carmo y Trindade a la zona de la Plaza del Rossio, desde aquí hasta los barrios del Castillo y de Alfama, todos quemados, sin olvidarnos de los de la Ribeira, Rua Nova, Rossio, Remolares, Barrio Alto, Limoeiro que les llegó parcialmente el fuego.
De entre los edificios que sufrieron pocos daños debido al terremoto y que acabaron destruidos por el fuego tenemos lo que era el Palacio Real, situado en el Terreiro do Paço junto al río y el Teatro Real do Paço da Ribeira, situado en frente del palacio. En el palacio estaba la biblioteca real que tenía más de 70.000 volúmenes, centenares de obras de arte algunas de y acabó totalmente destruida. El Patriarcal donde se estaban haciendo servicios religiosos tuvo que ser evacuado por la llegada del fuego, acabó totalmente calcinado.
El resultado de un terremoto, un tsunami y numerosos incendios fue que el 85% de los edificios de la ciudad resultaron destruidos, incluidos los palacios y las bibliotecas, así como la mayoría de edificios de arquitectura tan distintiva del siglo XVI portugués.
Los archivos reales desaparecieron, así como los detallados expedientes históricos que describían las expediciones de Vasco da Gama y otros tantos exploradores portugueses. De entre las iglesias destruidas estaban la Catedral de Santa María, las basílicas de Sao Paulo, Santa Catarina, Sao Vicente de Fora y la Iglesia de la Misericordia. El Hospital Real de Todos los Santos, que era el hospital público más grande de la época, fue consumido por el fuego y centenares de enfermos murieron carbonizados.
Este hospital a lo largo de su historia ha llevado varios nombres, era conocido como el Hospital Grande, el Hospital de Todos los Santos, Gran Hospitalario de Todos los Santos, o Hospital Real, pero la mayoría de los lisboetas lo llamaban el Hospital de los Pobres. En un primer momento, la creación de este hospital fue el resultado de unir varios hospitales más pequeños, como cada uno tenía el nombre de algún santo decidieron que para contentar a todos lo bautizarían como
No es lo único que desapareció, la tumba del héroe nacional de Nuno Álvares Pereira se perdió también. Como recuerdo de tan trágico suceso se decidió que el Convento do Carmo, quedara en ruinas, para no olvidar lo sucedido.
Tras el terremoto de 1755, las ruinas de este monasterio tuvieron bastantes usos, se utilizó como cementerio, como caballeriza militar, e incluso como sede de la Asociación de Arquitectos Portugueses, en 1865. De la iglesia primitiva nos queda la fachada principal y algunos lienzos de las paredes del cuerpo del edificio y del transepto, y casi toda la cabecera. El templo tiene tres naves, los arcos y soportes, el revestimiento de los muros y de las ventanas que vemos son el resultado de una incompleta reconstrucción en tiempos de la reina María I, que intentó reconstruirlo pero cuyo intento no llegó a buen fin. La iglesia del convento era la iglesia gótica más grande de toda la ciudad, si entráis a visitarla, a pesar de estar medio en ruinas podréis observar o tener la impresión de lo que debía haber sido en su máximo esplendor. Ahora está instalado el Museo do Carmo, es decir el museo arqueológico, interesante de ver aunque sea pequeño, pues podemos contemplar colecciones que abarcan desde la época romana, hasta el siglo XIX. Hay una colección de lápidas sepulcrales muy interesantes.
Si accedéis al monasterio a través del elevador de Santa Justa, cuando bajéis del mismo, en el lateral del convento se ve una puerta pegada a lo que queda de unas escaleras, casi nadie se fija, y sin embargo esta puerta, tuvo una gran importancia histórica en su momento, ya que se trataba de una puerta real, es decir era la puerta que conectaba el palacio real que se encontraba en la colina de enfrente con el convento. Es por ello que podemos ver las decoraciones con flores de lis, el emblema de la dinastía de Avis. Otra cosa curiosa es la tumba del rey Fernando I, del siglo XIV, la reconoceréis porque está llena de simbología alquímica, hay representado un laboratorio alquímico, con sus baldas con recipientes encima, también hay la representación de la unión de los contrarios, reflejados en un monje y una mujer. Incluso en el museo podemos ver un par de momias procedentes de América del Sur y algunos sarcófagos egipcios.
Antes de hablar de la reconstrucción de Lisboa tenemos que ponernos en antecedentes históricos, por aquel entonces reinaba José I, que había subido al trono contando 35 años de edad tras la muerte de su padre, el nuevo rey no tardó en dejar todo el poder en manos de Sabastiao José de Carvalho e Melo, es decir el marqués de Pombal. Que sin dudarlo ocupó el puesto de primer ministro, era el favorito real por lo que contaba con todo su apoyo a pesar de que la nobleza lo considerara un advenedizo, al ser hijo de un hacendado rural. Podemos asegurar que la simpatía que sentía el marqués por los viejos nobles portugueses era nula, más bien sentía aversión por ellos, ya que los consideraba corruptos e incapaces de tomar acciones prácticas (¿os suena de algo la situación? es verdad el dicho que las historia se repite!). Antes de que ocurriera el terremoto había una lucha constante para conseguir el favor real y el poder que significaba, se intentaba que el marqués de Pombal no lo tuviera, cosa que la vieja aristocracia no consiguió . El resentimiento contra el rey iba en aumento e incluso hubo un intento de magnicidio real, que no pasó a mayores. El día 1 de Noviembre y debido a un golpe de suerte, la familia real escapó ilesa del terremoto. El rey José I y toda la corte habían salido de la ciudad después de haber asistido a la misa de difuntos al amanecer, una de las hijas del rey quería celebrar la fiesta de Todos los Santos lejos de la ciudad. Después de la catástrofe el rey tenía miedo a vivir bajo techo, entonces la corte se acomodó en un enorme complejo de tiendas y pabellones en las colinas de Ajuda, cercano a Lisboa. El rey sufría de claustrofobia, y por ello su hija María I no comenzó a construir el Palacio de Ajuda hasta que su padre hubo muerto, ya que lo construyó en el lugar donde se levantaban las tiendas. Cuando le preguntaron al marqués de Pombal que se debía hacer tras la desgracia, el de una forma pragmática dijo: "Cuidar de los vivos y enterrar a los muertos". Tras esta frase comenzó inmediatamente a organizar la recuperación y la reconstrucción.
Se enviaron a los bomberos para extinguir los incendios, se organizaron grupos para enterrar a los cadáveres, era primordial hacerlo para evitar que las epidemias se extendieran sin remedio por la ciudad. Contrariamente a la costumbre y a pesar de los deseos de la iglesia de enterrar a los muertos cristianamente, se optó por llenar las barcazas que circulaban por el río con numerosos cadáveres y lanzarlos al mar, más allá de la boca del Tajo, era imprescindible para evitar males mayores. Hace poco unos trabajadores que excavaban el claustro de un convento Franciscano en la ciudad descubrieron una tumba colectiva con más de 3.000 cadáveres que fueron datados como pertenecientes al desastre del terremoto. Actualmente en este convento está la Academia de Ciencias, y la fosa común no sólo contenía restos humanos, también había restos de animales, peces, cerámica, botones, medallones, rosarios, que han ayudado a datar y a descubrir más cosas sobre el terremoto. Si queréis saber algo más, en este
Para prevenir los desórdenes y el saqueo de una ciudad en ruinas, se levantaron patíbulos en puntos elevados alrededor de la ciudad, en ellos fueron ejecutados los saqueadores que pillaron. El ejército fue movilizado para rodear la ciudad e impedir que los hombres sanos huyeran, pues eran necesarios para despejar las ruinas. Después de tomar estas primeras medidas el rey y el marqués de Pombal contrataron a arquitectos e ingenieros, en menos de un año la ciudad empezaba con su reconstrucción. El rey quería tener una ciudad nueva y ordenada, con manzanas grandes y calles rectilíneas, con amplias avenidas que darían carácter a la nueva Lisboa. Un día alguien le preguntó al marqués de Pombal, por que quería unas calles tan anchas, el respondió tranquilamente "un día serán pequeñas" y no se equivocaba, la verdad. En cuanto a los edificios que se construyeron, hay que decir que son los primeros en el mundo que fueron construidos para resistir los terremotos. Para ello se construyeron pequeños modelos de madera para hacer pruebas de resistencia simulando terremotos con las tropas que marchaban alrededor de las maquetas. La nueva zona centro de la ciudad, la que conocemos actualmente como la Baixa Pombalina, resulta ser una de las atracciones turísticas de la ciudad.