La solución es muy sencilla. Terminal:
sudo gedit /usr/share/X11/xorg.conf.d/40-libinput.confY añade la línea:
Option "NaturalScrolling" "on"
A la sección "InputClass", identificador "libinput pointer catchall"
De forma que quede así:
Section "InputClass"
Identifier "libinput pointer catchall"
MatchIsPointer "on"
MatchDevicePath "/dev/input/event*"
Option "NaturalScrolling" "on"
Driver "libinput"
EndSection
El desplazamiento natural de nuevo en tu máquina.