La historia gira en torno a un sensible médico de ciborgs que encuentra a Alita en un desguace, devolviéndole la vida; enseñándole a sobrevivir en una peligrosa ciudad y ocultándole un misterioso pasado para evitarle sufrimientos innecesarios. Hugo será la persona de carne y hueso que le ayudará a refrescar la memoria.
Para el papel protagonista se pensó en Rosa Salazar, cuyos ojos encandilaron y enamoraron al director porque tenían la belleza y el tamaño ideal para adaptar un tebeo japonés. Los secundarios de lujo son el oscarizado Christoph Waltz y el oscarizable Mahershala Ali.
El realizador de origen latino vendió la moto de esta película de acción de altísimo nivel con cierto mensaje social del siguiente modo: “Es universal. Una joven que se siente insignificante porque la encuentran en la basura y, sin embargo, termina descubriendo que tiene poderes para cambiar el mundo. Es un mensaje muy poderoso con el que cualquiera se va a identificar”.
El director ha querido darle una espiritualidad cristiana a este largometraje con una serie de detalles como que la catedral sea el lugar favorito de los protagonistas o que Alita sea un personaje mesiánico cargado de ternura, pero que goza de un enorme poder. Se trata de un robot con cerebro humano con una enorme generosidad que perdona y ama hasta el extremo, siendo capaz de dar la vida por los demás. Salvando las enormes distancias, es un personaje de acción que guarda ciertos paralelismos con la figura de Jesucristo (publicado en Pantalla 90).