Al final de Crisis Final (valga la redundancia), podíamos ver como a causa del Efecto Omega de Darkseid, Bruce Wayne aparecía en la caverna de un moribundo Anthro, pintando en la pared el signo del murciélago. Fuera de la cueva se encontraba la cápsula del tiempo que Superman y los demás habían lanzado desde el punto final del tiempo. Esa cápsula es encontrada por un grupo de hombres del Clan del Ciervo, que llegan para buscar a Anthro (al que ellos llaman “Viejo”), ya que ha llegado el momento de que el nieto de Anthro, Chico, pase los rituales que le convierten en un hombre. Hombre, el líder del Clan del Ciervo y padre de Chico, lanza una piedra al interior de la cueva, esperando ver qué ocurre allí, y hace su aparición Bruce, llevando en la mano su cinturón. Hombre le presenta a Bruce al resto de los miembros de su clan allí presentes (Gigante, Hosco, Serio… Joker…), y mientras Hombre comprueba que Viejo ha muerto y vuelve con un collar que llevaba, semejante a un collar de perlas, que había llevado la esposa de Anthro hasta el día de su muerte; Bruce examina la cápsula, aunque todo se ha reducido a polvo, salvo la capa de Superman.
Esa noche, los miembro del Clan del Ciervo son atacados a traición por un clan rival, el Clan de la Sangre, liderado por el Jefe Savage (Vandal Savage, claro). Bruce consigue salvar a Chico, pero el resto son asesinados, y Savage se lleva como trofeo el collar de la esposa de Anthro, y consiguen capturar también a Bruce, que es conducido al centro ritual del Clan de la Sangre, presidido por su tótem, lo que parece ser el pellejo de un gigantesco murciélago. Savage prepara a Bruce para ser sacrificado al amanecer, y durante la noche, aún confundido, Bruce tiene pesadillas con la imagen del murciélago. Es rescatado por Chico, que ha tomado el murciélago como emblema, y Bruce toma el tótem del Clan de la Sangre, el gran murciélago como vestidura. Al amanecer, Bruce y Chico atacan al Clan de la Sangre, venciendo a Savage, que es expulsado por su propia tribu, y recuperando el collar que Anthro había llevado, que Bruce le entrega a Chico, que afirma que partir de ese momento, el Clan del Ciervo se convierte en el Pueblo del Murciélago. Ese día, hay un eclipse, y mientras escapan del Clan de la Sangre, Bruce y Chico se arrojan por una cascada hacia un lago. Cuando Chico sale, Bruce ha desaparecido. Pero aún queda un milagro del que los miembros del Clan de la Sangre, ya sin Savage son testigos: la aparición de Superman, Hal Jordan, Booster Gold y Rip Hunter, que convencidos ya de que Bruce no ha muerto, llegan para buscarle… y evitar que regrese al presente, pues en su viaje temporal, Bruce está acumulando energía Omega suficiente como para destruir el mundo…
Cuando Bruce emerge del agua, hay una mujer esperándole, y obviamente ya no está en la Prehistoria. La mujer viste como una puritana de las colonias norteamericanas del siglo XVII, y tras Batman, aparece una criatura de aspecto terrible. Bruce consigue vencer a la criatura, que tiene algo de “cthuloide”, pero se desmaya después, despertando brevemente para ver que está siendo atendido por esa mujer, que utiliza como colgante un sello que recuerda al de Wonder Woman, símbolo que él mismo había pintado en la caverna de Anthro. Se encuentran cerca de la naciente ciudad de Gotham, en plena época de la Caza de Brujas, y el nombre de la mujer es Anne. Bruce se hace pasar por un anabaptista procedente de Boston, el Hermano Mordecai, que ha llegado a Gotham para ayudar en la persecución de brujas al pastor local, un hombre que se hace llamar “Malleus”, el Martillo, nombre tomado de la obra “Malleus Malleficarum”, el “Martillo de Herejes” de Kramer y Sprenguer, manual histórico de los cazadores de brujas. “Mordecai” y Malleus investigan la desaparición de William Tyler, uno de los hombres del pueblo, y Malleus acusa de brujería a su esposa, aunque Mordecai sospecha de que se trata de un asesinato que no tiene nada que ver con la brujería. Malleus y Mordecai tienen varios enfrentamientos, y Mordecai, que no recuerda muchas cosas de su pasado, hace que un pintor holandés que está allí para registrar los acontecimientos de la Caza de Brujas de Malleus le pinte con un libro en la mano, cuadro que, como hemos visto antes, forma parte de la galería que Alfred muestra a Dick y Damian en la mansión Wayne.
El cadáver de William Tyler es encontrado, y Malleus insiste en que se trata de una obra del diablo, probablemente culpa de la mujer que vive en el bosque, Annie, a quien Mordecai acude a avisar. Ella le lleva finalmente al lugar donde le encontró, una cueva en el subsuelo que había pertenecido a los Miagani, el Pueblo Murciélago. Annie confiesa ante Bruce ser una pagana, adoradora de dioses mucho tiempo olvidados, y que ella invocó al Dragón, y este mató al verdadero Mordecai. Pero ese día hay eclipse, y Bruce descubre que el dragón es una criatura que le persigue por el tiempo, y vuelve a enfrentarse a ella. Mientras Bruce se enfrenta a la criatura, Malleus captura a Annie y le prende fuego a la zona, dejando atrapado a Bruce en la cueva, en el momento en el que el eclipse se completa en el cielo. Bruce salta al agua… y desaparece. Mientras, en el exterior, Annie es acusada de brujería por Malleus, pero antes de ser ahorcada, Annie revela el verdadero nombre de Malleus, que no es otro que Nathaniel Wayne.
Y “mientras” (ya que esta palabra no tiene sentido cuando hablamos de viajes en el tiempo), Superman, Hal Jordan, Booster y Rip Hunter llegan al Punto de Fuga, la plataforma existente en el final del Tiempo, minutos antes de que llegue el colapso termodinámico de esa línea del eje temporal. En el Punto de Fuga hay un bioarchivista que les ayuda a localizar una manifestación de hiperfauna ajena al tiempo (el “dragón”, la criatura que persigue a Bruce a través de tiempo), pero encierra a los héroes, llevándose su Esfera Temporal, y mostrando en el último momento que es el propio Bruce.
Cuando Bruce emerge del agua de nuevo, ha vuelto a cambiar de tiempo. Han pasado casi sesenta años, y está entre los restos de un naufragio. No tardará en estar ante el Comodoro Thatch, más conocido como Barbanegra, que tiene prisionero a un joven llamado Jack Valor. Barbanegra cree que Bruce es el Pirata Negro, dueño del barco que se ha estrellado contra las rocas de Bristol, la Rosa Negra, y que además, es el custodio de un viejo tesoro de los indios Miagani. Barbanegra quiere obtener el tesoro de los Miagani, y amenaza a Bruce con ejecutar a Jack Valor. Aunque Bruce desconoce el paradero del tesoro de los Miagani, que Barbanegra afirma se encuentra en alguna parte del Condado de Gotham, acepta guiarle para salvar la vida del joven. Barbanegra lleva a Bruce, Jack y sus hombres a las cavernas, donde vemos los restos de las pinturas de Batman en la Prehistoria, ya que se tratan de las mismas cavernas donde había muerto Anthro. Bruce guía a Barbanegra al interior de las cavernas, ayudado por los comentarios al parecer casuales de Jack Valor, evitando varias trampas de los Miagani, aunque no puede evitar que varios de los hombres de Barbanegra mueran al incendiarse el metano provocado por el guano de murciélago acumulado en las cavernas.
Aprovechando el caos provocado por esta situación, Jack Valor revela a Bruce la verdad, él es el Pirata Negro, custodio del tesoro de los Miagani, que aún se encuentran en esas cuevas. Jack le entrega a Bruce la capa del Pirata Negro, y Bruce simula despeñarse en el interior de la cueva, desapareciendo del camino de Barbanegra y los demás, apareciendo poco después para enfrentarse a ellos. Varios mueren en las trampas de los Miagani, y finalmente, Barbanegra es derrotado y arrojado al Rio de la Noche que fluye por el subsuelo. Jack Valor conduce a Bruce ante los últimos Miagani, que dicen ser los descendientes directos del primer Chico y que llevan a Bruce al lugar más sagrado de las cuevas, donde conservan los símbolos que mantendrán a raya el llamado “Día de la Terminación”, y que no son otros que las botas y el cinturón que habían viajado atrás en el tiempo con Batman, y la capa del tótem del murciélago del Clan de la Sangre, los objetos que había dejado en la cueva cuando apareciera, sesenta años atrás, procedente de la Prehistoria y que Annie había guardado para convertirle en Mordecai. Bruce desaparece durante un eclipse tras despedirse de Valor y devolverle la capucha del Pirata Negro, de nuevo atrapado por el Tiempo…
Por otro lado, y al no tener noticias de Superman y sus acompañantes, la Liga de la Justicia se reúne con Red Robin, que les informa de que ha encontrado los símbolos de Batman en Europa, y Dick y Damian recorren Blüdhaven, encontrando la cámara en la que Bruce estuvo encerrado, el lugar donde fue clonado y de donde salió el cadáver que Superman encontró y que ellos habían resucitado. Pero Batman y Robin no tienen demasiado tiempo que dedicar a Blüdhaven, pues tienen acuciantes problemas en Gotham. Tras descubrir que Oberon Sexton era el Joker, y poner al Caballero a investigar sobre el verdadero Oberon Sexton (asesinado por el Joker, y que resultaba al tiempo haber asesinado a su esposa), ambos acuden a interrogar al Joker para averiguar quien conduce el Tren Mejicano, es decir, quien es el enemigo al que se enfrentan, quien está tras el Guante Negro. Pero el Joker parece no poder revelarlo. Batman lleva al Comisario Gordon al Batbunker, para que le ayude a buscar el enemigo al que se enfrentan. El Tren Mejicano comenzó con Pyg, el Flamenco, los 99 Demonios… y se relaciona con el Guante Negro y el Joker. Las Muñecotrónicas de Pyg habían liberado un virus en la ciudad, y lo habían anulado gracias al antídoto que Pyg les había entregado… pero el antídoto no es más que un puente para el verdadero virus, un caballo de Troya biológico que permanece latente (como un resfriado, como el constipado que muestra Gordon) que cambiará con un disparador viral. Pero su conversación se ve interrumpida al descubrir que Robin se encuentra reunido con el Joker. Damian trata de sacarle al Joker las respuestas a golpes, y en el camino, Batman y Gordon son atacados, siendo derribados en una de las calles, donde les rodean docenas de Muñecotrónicas, al tiempo que en Blackgate, los 99 Diablos, enviados por el Penitente, liberan a Pyg.
El Joker le cuenta a Robin que su lucha no es contra ellos, que son herramientas contra el Guante Negro, pero Damian ha infravalorado a su enemigo, y se da cuenta demasiado tarde de que el esmalte de las uñas del Joker es un veneno nervioso que le paraliza. El Joker utiliza a Robin como rehén para escapar de las celdas, mientras Pyg es llevado ante el Senador Vine… y el líder del Guante Negro, el Doctor Hurt, que tiene en sus manos la caja sellada con el Murciélago que los 99 Demonios habían robado de la Mansión Wayne. Las Muñecotrónicas secuestran al Comisario, dejando a Batman sin sentido y herido, hasta que despierta al día siguiente, en manos de Alfred, y con Robin y el Comisario desaparecidos. El Joker avisa a Batman de que Pyg tiene una fiesta preparada con Gordon en el Callejón del Crimen, donde Pyg está liberando el disparador viral que convertirá a todos los gothamitas en adictos. Batman interviene intentando liberar a Gordon, mientras el Senador Vine, finalmente muere envenado por el Joker. Pero Gordon, movido por la adicción provocada por Pyg, ataca y traiciona a Batman, que es capturado por el Doctor Hurt. Con Dick fuera del mapa, el Doctor Hurt se revela al público, haciéndose pasar por un regresado Thomas Wayne, que se instala en la Mansión Wayne, donde encierra a Dick, afirmando que todo cambiará “cuando el Sol Negro se alce” (es decir, un nuevo eclipse, como los que están arrojando a Batman por el tiempo).