Nació el 19 de marzo de 1901 en Boimorto (A Coruña), ingresando en la Armada en 1916. Desde 1928 estuvo afiliado a la masonería.
Benjamín fue uno de los protagonistas en los primeros días de la sublevación, gracias a su heroica reacción a favor de la República desde su puesto en la estación de radio del Ministerio de la Marina, instalada en la Ciudad Lineal de Madrid. Pasaban unos minutos de las seris de la mañana del 18 de julio de 1936, cuando después de pasar la noche en vela, por los acontecimientos que se producían, recibe un mensaje clave en la historia de España: “Gloria al heroico ejército de África. España sobre todo. Recibid el saludo entusiasta de estas guarniciones, que se unen a vosotros y demás compañeros Península en estos momentos históricos. Fe ciega en el triunfo. Viva España con honor. FIRMADO: General Franco”.
El mensaje, procedente de Canarias, se repite momentos después con el mismo texto e idéntica firma, dirigido a los generales jefe de la 1ª, 2ª, 3ª, 4ª, 5ª, 6ª, 7ª y 8ª Divisiones Orgánicas, en Madrid, Sevilla, Valencia, Barcelona, Zaragoza, Burgos, Valladolid y La Coruña; al comandante militar de Baleares; al general jefe de la División de Caballería, en Madrid; al jefe de la Circunscripción de Ceuta y Larache; al jefe de las fuerzas militares de Marruecos y a los almirantes jefes de las bases navales de El Ferrol, Cádiz y Cartagena. A continuación recibe un tercer mensaje desde Cartagena con la intención de que desde esta estación, se propague a toda la Armada.
Obedeciendo al primer impulso, pulsa el entrecortado reproche que quiere hacer llegar al radiotelegrafista de Cartagena: “... no hagas eso, compañero.... no transmitas esa circular..., no te das cuenta de que es un acto de subversión...”. La respuesta es una justificación y una llamada angustiosa por parte del auxiliar de radio, Albiol, que Balboasabe captar: “…estaba cumpliendo órdenes superiores, de jefes que en ese momento le rodeaban en la misma estación de radio”.
Esta jornada se presentaba para Balboa, diferente a las demás, puesto que los militares se habían sublevado. Sus convicciones republicanas le hicieron informar del mensaje al jefe de la secretaría del Ministro de la Marina, JOSÉ GIRAL. Éste le da instrucciones para que pase a limpio el mensaje de FRANCOy se lo haga llegar al ministro de Guerra y Presidente del Consejo, SANTIAGO CASARES QUIROGA. Balboa se salta a propósito a su superior inmediato, el jefe de la estación capitán de corbeta Castor Ibáñez Aldecoa, pero éste se presenta en su despacho, le arrebata el sobre, y tras recriminarle su actitud, comunica telefónicamente con el Jefe del Estado Mayor de la Armada, el vicealmirante Salas, que lo emplaza a difundir el mensaje subversivo.
Ibáñez Aldecoa está dispuesto a dar difusión del aviso, pero en la sala de operaciones se encuentra con la oposición de Balboa. Lo arresta, pero el radiotelegrafista no se intimida, lo apunta con una pistola Luger 22 y encierra al Capitán en una habitación. A continuación da cuenta al gobierno de la situación creada y comienza a comunicarse con los efectivos de la Armada para ir dando cuenta de la sublevación, y procurando asesorar a los fieles a la República.
Llegó a alcanzar una popularidad y relevancia de primer orden. Aparte de ascender en el escalafón del gobierno, llegando a ser Subsecretario de Marina y Aire.
A comienzos de 1939 los republicanos respiran un fuerte olor a derrota. Benjamín Balboa escapa a Francia. En Marsella conoce a Katia Landau, viuda del desaparecido dirigente comunista austriaco, Kurt Landau, que acabaran compartiendo el exilio mejicano hasta su muerte. En Casablanca, participa en el Consejo Español de la Paz que presidía JOSÉ GIRAL. En el exilio, comparte actividades con el poeta León Felipe, con el pintor Diego Rivera, o con el cineasta gallego Carlos Velo.