El Papyre lee .rtf y .pdf, pero donde hay más posibilidades es con un formato específico llamado .fb2.
Para convertir desde cualquier formato a .fb2 he encontrado dos posibilidades (hay más): Book Designer, un programa gratis, en inglés, con muchas posibilidades de edición y conversión; y el Calibre, también gratis, y en español. El Calibre es a la vez conversor, organizador (una especie de iTunes en cutre) y visor. También probé FBReader, que permite leer .fb2 en el PC o mac.
Lo que he hecho ha sido seleccionar unos 500 libros y organizar una pequeña biblioteca en el Calibre. Los organizas con lo que se llama metadatos: autor, título, serie, nº de la serie, etc. Y luego puedes visualizarlos y ordenarlos como quieras. Muy cómodo y sencillo. Ojo: los metadatos que escribes en Calibre no son luego los que muestra el Papyre. Esto es un poco lata. Hay que abrir el archivo fb2 en el PC, por ejemplo con el bloc de notas y, AHI, escribir lo que quieres que realmente aparezca en la lista que mostrará el Papyre. Como sólo he pasado a la SD 15 ó 20 libros, no tardo nada en hacer esos cambios.