Con la intención de aumentar la competitividad de la segunda fase se han implementado nuevas medidas que entrarán en vigor a partir de la próxima temporada 2016/17, destacando la creación de un play-off que afectará a los conjuntos de la LEDMAN LigaPro.
La novedad afecta a los segundos de las series de la fase de subida. Los segundos de cada serie tendrán la oportunidad de disputar un play-off con el 17º y 18º clasificado de la Segunda Liga, que en caso de vencer serán recompensados con el ascenso. Esta es una de las nuevas medidas de la Federación dado que hasta ahora los segundos disputaban entre ellos un play-off para elegir el tercer y último ascenso a Segunda Liga. Así la Federación se aprovecha de la decisión de la Liga de Clubes -Liga Portugal- que decidió reducir el número de equipos de Segunda Liga de 24 a 22.
En cuanto a la fase de "Manutenção e Descida", existirán ocho series de ocho equipos cada una compuesta por los ocho conjuntos que no accedieron a la fase de subida, es decir, del 3º al 10º de la Primera Fase. Hasta ahora comenzaban dicha fase con 50% de los puntos vencidos en la Primera Fase pero ahora solo tendrán el 25%, viéndose reducido así el porcentaje en 25%.
Otra de las reformas es el cambio de clubes entre series para evitar repetir mismos adversarios de la Primera Fase. Desde el 7º hasta el 10º puesto (7º ,8º, 9º y 10º) de las series A, C, E y G de la Primera Fase serán colocados en las Series B, D, F y H de la Segunda Fase respectivamente, y viceversa. Descienden a los Campeonatos del Distrito los dos últimos clasificados (7º y 8º) de cada serie mientras que todos los sextos realizarán una eliminatoria que seré el resultado de un sorteo puro y contará con ida y vuelta. Los vencedores permanecerán en el Campeonato de Portugal mientras que los derrotados serán descendidos a los campeonatos del distrito.