Con esta división, el presbiterio resultaba algo estrecho y no muy propio de semejante catedral. El cardenal Cisneros tuvo muy claro reconstruir esta parte de la catedral y tras algunas situaciones de enfrentamiento con el Cabildo, consiguió el consentimiento para demoler la dicha capilla de los Reyes Viejos, hacer el presbiterio más amplio y dar espacio suficiente para el gran retablo gótico que él mismo había encargado.
Algunos críticos de arte aseguran que esta reja pétrea es de lo más bello de la catedral.8 Es posible que se terminara de hacer en tiempos del arzobispo Pedro de Luna cuyas armas y blasones policromados de Castilla y León figuran en esta obra.
Está copiosamente decorada de estatuaria y rematada por un coro de ángeles que parecen ir volando. En armonía con esta obra de piedra calada se construyeron los dos pilares que dan paso al interior de la capilla. En el pilar de la izquierda puede verse la estatua de una figura con barba y cayado de pastor, el famoso pastor llamado Martín Alhaja que (según la leyenda) dio información en la batalla de Las Navas de Tolosa;nota 5 el pilar contrario se llama del Alfaquí por la estatua de este personaje Abu Walid quien llevó al rey Alfonso VI un mensaje de tolerancia (véase la sección La catedral de Alfonso VI).
El majestuoso retablo, de madera policromada y dorada, debe su traza a Petit Jean, bajo la dirección de Enrique Egas y Pedro de Gumiel. Su construcción duró seis años (1498-1504), y en ella trabajaron grandes escultores del momento como, Felipe de Bigarny, Diego Copín y Sebastián Almonacid, siendo dorado y policromado por Francisco de Amberes y Juan de Borgoña. Este retablo se compone de tres cuerpos, cinco calles en altura escalonada con dos más estrechas en los extremos a modo de guardapolvos, y en su base una gran predela. En el centro y parte inferior del retablo, se encuentra el Tabernáculo, gran obra de filigrana en madera dorada. El atrio del retablo es rematado por un calvario de grandes dimensiones rodeado de un cielo estrellado.
En el lateral izquierdo de la capilla está el sepulcro del Cardenal Mendoza, (†1495), una de las primeras obras del Renacimiento español atribuido a Doménico Fancelli. La Capilla Mayor se cierra con una de las rejas más suntuosas del Renacimiento español, siendo manufacturada por Francisco de Villalpando quien tardó diez años en su ejecución. Se divide en dos cuerpos y cinco calles y está rematada por las armas de Carlos V y un grandioso Crucificado.
Fuentes: Wikipediahttp://www.catedralprimada.es/capilla_mayor/