Tras la muerte de Carlomagno y la división del reino entre sus hijos, como era costumbre en la dinastía carolingia, los condados francos, principalmente los del sur, devinieron, prácticamente, pequeños reinos y sus condes, iniciaron la instauración dinástica en sus territorios.
Eso sucedió también en Carcassonne y Barcelona, donde se instauraron los Trencavel y el conde Jofre I, (Jofre el pilós), respectivamente.
En medio de este constante tira y afloja por la soberanía sobre Carcassonne, entre los condes de Toulouse y Barcelona, llegó la “Cruzada Albigense” que conseguiría, en un principio, unirlos a los tres.Tras la muerte, a manos de los cruzados, del último Trencavel, fue nombrado Conde de Carcassonne, el vencedor, Simó de Monfort y, tras la muerte de éste en el sitio de Tolosa, la titularidad de Carcassonne, pasó a ser de su hijo Amaury.
Cuando las cosas se pusieron mal para Amaury, a mediados ya del siglo XIII, por la recuperación de tierras que estaba realizando el Conde de Toulouse, aquel renunció al condado de Carcassonne, en favor del Rey de Francia.
Cuando el Rey de Francia recuperó finalmente todas las tierras de Toulouse, Carcassonne y Occitania en general, llegó la firma del Tratado de Corbeil, entre Jaime I de Catalunya y Aragón y Luís IX de Francia, por el cual el monarca catalán renunciaba a toda pretensión sobre los condados occitanos y, a cambio, el monarca francés renunciaba a cualquier derecho sobre Catalunya, delimitándose de esta forma la primera frontera entre Francia y Catalunya, que no sería modificada hasta la firma del Tratado de los Pirineos, en 1659, al finalizar la guerra de los “Treinta años”.
Así las cosas, Carcassonne se integraba definitivamente en la corona francesa. Una vez establecida la paz en el sur, las murallas de la “cité” perdieron parte de su importancia y solo el castillo servía, de vez en cuando, de residencia real.
Y, finalmente, una vez firmado el Tratado de los Pirineos, en el s. XVII, perdería definitivamente su posición estratégica, debido al retroceso de la frontera española, y la ciudad fue, prácticamente abandonada, asentándose la gente en la parte de abajo, más cerca del río.