Si quieres disminuir la resolución de un video en Linux con el comando ffmpeg la mejor forma que encontré es usando el filtro scale de la siguiente forma.
Donde archivo-origen.mp4 es el archivo original y el que vas a crear es archivo-destino.mp4, en este ejemplo le estoy diciendo que convierta a una resolución de 720 px horizontales, la resolución vertical la resuelve en automático con el indicador -1 manteniendo el aspecto del video original.
He utilizado la extensión .mp4 pero se pueden ocupar otras extensiones y/o hacer conversiones por ejemplo el origen podría ser .mkv y el destino .avi o viceversa.