En 1997 aparece el nombre de Araucanoraptor argentinus sobre unos restos estudiados por el paleontólogo argentino Fernando Novas, quien al principio afirmaba que era un trodóntido. En el 2005 se volvió a analizar el espécimen conocido como Araucanoraptor, y tras comprobar que se trataba de un dromeosáurido, se le cambió el nombre a Neuquenraptor argentinus, y se le considera el holotipo de este género. Así, el nombre de Araucanoraptor argentinus quedó inválido. Como habrán podido deducir, el ejemplar no era precisamente un esquelto completo, para ser exactos no es más que un pie fósil lo que nos queda hoy día del Neuquenraptor.
Diferenciarlo de Unenlagia resulta muy arriesgado, aunque no tanto como considerarlos el mismo género. Con esto quiero decir, que si bien de Neuquenraptor nada más que tenemos un pie, de Unenlagia tenemos apenas unos restos fragmentarios que incluyen huesos coxales, costillas, un fémur y poco más (imagen inferior). Los únicos huesecillos que coinciden en ambos dinosaurios son dos falanges del pie de Unenlagia que se pueden comparar con el pie completo de Neuquenraptor. Las falanges de Unenlagia pertenecen al primer dígito y son de distinto tamaño, siendo la falange 1 mayor que la falange 2, mientras que en el pie de Neuquenraptor ambas falanges son del mismo tamaño. Esta pequeña diferencia entre ambos fósiles es casi insignificante, pero suficiente como para que nos resulte imposible adjudicar el pie de Neuquenraptor a los restos de Unenlagia o viceversa.
También nos podemos basar en que Unenlagia es más basal que Neuquenraptor, y más similar a las aves, pero cualquier suposición hecha sobre un pie y un esqueleto de individuos distintos resulta demasiado arriesgada. Por ello nos basamos en la única diferencia de la que podemos disponer, por muy pequeña que sea, para proponer que al menos por ahora ambos géneros no son el mismo. Claro está que todos esperamos que en los próximos años podamos aclarar nuestras ideas con nuevos restos de ambnos géneros. Hasta entonces, sólo nos queda especular.