Lo cierto es que cada vez se utiliza menos Flash Player, incluso YouTube ha migrado a HTML5 y muchos aconsejan desinstalarlo por completo, pero sabemos que esa no es la solución ya que hay varios sitios que lo utilizan como por ejemplo los bancos.
El siguiente articulo te habla sobre una solución menos radical.
http://www.howtogeek.com/208908/how-to-protect-yourself-from-all-these-flash-0-day-security-holes/