Utilizando Windows update podemos encontrar el .net framework 4.6.1 como una actualización recomendada, a pesar de esto por el momento esta versión no es compatible con Exchange como se puede observar en la siguiente tabla:
Entre algunos problemas reportados al momento destacamos el failover inesperado de bases con Exchange 2013 en DAG y buzones quedando en cuarentena como se describe en el siguiente artículo:
En definitiva, por el momento la recomendación es no instalar el .net framework 4.6.1 en Exchange, de cualquier modo tener en consideración que esto puede cambiar en cualquier momento por lo que debemos estar atentos a próximas actualizaciones.
Por más info ver el siguiente artículo en el blog del equipo de producto de Exchange: