No es la primera vez que me toca buscar malware en algún WordPress, y la verdad, suele ser un dolor de cabeza. Básicamente usan dos funciones: eval y base64_decode. Con eval nos meterán el código malicioso, que estará codificado en base64 para evitar que lo encontremos fácilmente.
Si tenéis acceso al SSH del servidor, una llamada a find . -name '*.php' -exec grep -l 'base64' {} \; suele bastar para encontrar este tipo de llamadas, o buscar eval en vez de base64.
Desgraciadamente esto no siempre funciona, ya que la función eval puede estar codificada de la siguiente forma:
$foo = "b"."a"."s"."e"...;
Otro punto a tener en cuenta es la posibilidad de que hayan modificado el código de nuestro WordPress, lo cual se puede solucionar reinstalando el WP desde el admin. Aunque también pueden haber modificado el wp-config.php e incluir un fichero php que aparenta ser de WP (normalmente metindo en la carpeta wp-includes) pero que no lo es. Por lo cual es recomendado comprobar el wp-config.php con cualquier versión en local.
A parte de todo esto, es importante el tema de los permisos de los ficheros, etc…