Ortega nos dice en Historia como sistema que la ciencia está en peligro; y está en peligro porque la fe que el hombre moderno tenía puesta en ella se ha ido enfriando a lo largo del último siglo. Se vio a la ciencia como la panacea de todas las cosas, pero la realidad es diferente. La ciencia que quiere abarcar todo el Universo nada tiene que decir sobre el hombre, sobre lo humano. La ciencia físico-matemática o razón naturalista al hacerse patente la urgencia de tomar parte en la verdad sobre los problemas más humanos, no ha sabido que decir.
La razón naturalista o realista se detiene ante la extraña realidad que es la vida humana. La causa es profunda y radical -dice Ortega-: porque el hombre no es una cosa; es falso hablar de la naturaleza humana. La vida humana no es un objeto, no se trata de una cosa y por eso no posee una naturaleza. Según Ortega, “el hombre no tiene naturaleza, sino que tiene historia”.
Ante esta situación deficitaria, el hombre moderno se ha visto desilusionado ante la ciencia porque se da cuenta de que lo humano “se escapa de la razón físico-matemática como el agua por una canastilla”. Este es el único motivo por el que la fe en esa razón ha entrado en decadencia.
Ahora bien, esto quiere decir que es preciso repasar la vida humana bajo nuevas categorías o conceptos radicalmente distintos de los que nos aclaran los fenómenos de la materia. De otra forma, la razón naturalista o realista sirve siempre y cuando su objeto de conocimiento sea cosa; por ejemplo, el movimiento de los astros. Pero en el momento en que pretendemos abordar el tema de la vida humana bajo esos mismos cálculos estamos imaginando una razón de continuidad entre dos objetos de conocimiento persuadidos en la creencia de que al tratar con la vida humana también estamos investigando la naturaleza. Esto es falso según Ortega.
La alternativa histórica se presenta según Ortega bajo el nombre de ciencias del espíritu. Contra la razón físico-matemática de investigar lo humano arremeten los espiritualistas o idealistas contraponiendo a la Naturaleza el Espíritu. Pero esto es otro error; error que comienza en la interpretación eleática del ser tratando las realidades como si fuesen ideas, conceptos. El error del idealismo o espiritualismo, es la misma equivación que la del realismo: tratar las cosas o las ideas como identidades, es decir, como si se tratara de una naturaleza determinada perennemente constituida. Por eso Ortega se pregunta cómo el idealismo ha podido cometer esa incosecuencia con su propio punto de partida que le instaba a no reconocer como radical realidad sino lo inmediato. Y la respuesta es que el idealismo conserva dentro de sí la tendencia realista. Esta consiste en creer que lo real es lo que existe independientemente de mi.