Los filtros con decantador de agua disponen de un grifo en la parte inferior para poder drenar el agua que hay en el filtro. Algunos modelos incluso incorporan un sensor que avisa al conductor en el cuadro de instrumentos de la presencia de agua en el filtro para que lo drene, en caso contrario se recomienda drenar periódicamente para quitar el agua.
Para drenar agua del filtro de combustible diésel, primero hay que abrir la válvula de ventilación que se encuentra en la parte superior de la carcasa del filtro. Si no dispone de la válvula, aflojar o quitar uno de los tubos de combustible superiores de la carcasa del filtro. Poner un vaso o recipiente en la parte inferior del filtro para recoger el agua y aflojar el grifo para dejar salir el agua. Dejar que el filtro se vacíe hasta que fluya diésel limpio, después cerrar el grifo y montar la tubería o cerrar la válvula de ventilación.
El material filtrante pierde eficacia con el tiempo y es necesario realizar la sustitución del filtro de combustible. Su sustitución está incluida en el plan de mantenimiento del vehículo. Mann dispone de una amplia gama de filtros de combustible con o sin decantador con materiales filtrantes de gran calidad que aseguran un buen filtrado de partículas y agua para no dañar el sistema de inyección del motor.