A causa de las abdicaciones de Bayona los derechos de la Corona española pasaron a Napoleón Bonaparte, el cual se los cedió a su hermano José. Pero este cambio de dinastía no fue aceptado por la mayoría de los españoles; a causa de lo cual se inició una revuelta antifrancesa en Madrid el 2 de mayo de 1808, que se extendió, rápidamente, por todo el país. Ante el vacío de poder, se formaron juntas, que asumieron el poder en nombre del rey que consideraban legítimo, Fernando VII, declarando la guerra al Imperio napoleónico. Bonaparte convocó en Bayona a un centenar de "notables españoles” para que elaboraran la Constituciónde la nueva monarquía. En la redacción final de la llamada “Constitución de Bayona”, Napoleón aceptó algunas sugerencias de los "notables", puesto que habían acudido a apoyar a la nueva monarquía, tal es el caso de que no se incluyera en su articulado la abolición de la Inquisición y de que se esperara a suprimirla a que José I hubiera ocupado el trono y hubiera alcanzado un acuerdo con la jerarquía eclesiástica española.
Mientras tanto aquellos españoles que no reconocían las abdicaciones de Bayona formaron un ejército, infligiendo una severa derrota al ejército francés mandado por Dupont en la batalla de Bailén, el 19 de julio de 1808. Esta victoria obligó al rey José I Bonaparte a abandonar Madrid, a donde había llegado, tan solo un día después de darse la batalla. Ante estos acontecimientos, Napoleón decidió intervenir personalmente, y al frente de un poderoso ejército cruzó la frontera en noviembre, consiguiendo ocupar Madrid al mes siguiente. El 4 de diciembre de 1808, cuando se encontraba en Chamartín —una pequeña localidad a las afueras de Madrid—, promulgó unos decretos que ponían fin, de un plumazo, al Antiguo Régimen en España. En aquellos decretos, Napoleón, entre otras cosas, declaraba abolido el feudalismo, reducía a un tercio el número de conventos de las órdenes religiosas, eliminaba las aduanas interiores y suprimía el Consejo de Castilla y la Inquisición española.
Pero estos decretos planteaban un problema jurídico, puesto que iban firmados por Napoleón no por el rey José I, que era la suprema autoridad — al menos teóricamente—, de la Monarquía que había surgido de las abdicaciones de Bayona. El 4 de diciembre de 1808 Napoleón no tuvo en cuenta que, en ese momento, su hermano era el rey de España. Apercibido del error, enseguida dio los pasos oportunos para "restablecerlo" en el trono. No obstante, los decretos fueron publicados en la Gazeta de Madrid, que era el periódico destinado a transmitir a la población las decisiones oficiales, y una vez restablecido en el trono, José I no los derogó. Es decir, lo que Napoleón decidió, amparado por el derecho de conquista, fue asumido por su hermano, que lo convirtió en norma, como ley del Estado. En el decreto de abolición de la Inquisición, que fue publicado en la Gaceta de Madrid del 11 de diciembre, se decía que el Tribunal quedaba suprimido «como atentatorio a la soberanía y a la autoridad civil» y se ordenaba que sus bienes pasaran a la Corona, como garantía de la deuda de la Monarquía. Este cambio de actitud de Napoleón, en lo referente a la Inquisición, se debe a razones propagandísticas, de esta manera, se presentaba ante los franceses y ante toda Europa como el libertador de los pueblos oprimidos por el fanatismo religioso.
Analicemos las reacciones ante los "decretos de Chamartín": de agrado respecto de la supresión de los derechos feudales y de las aduanas interiores, incluso la del Consejo de Castilla, pero la abolición de la Inquisición solo fue bien acogida por los ilustrados, que eran minoría, y que serán conocidos como los afrancesados y con total indiferencia por parte del pueblo, que sí rechazó la reducción de las órdenes religiosas. Estas medidas tan radicales cogieron desprevenidas a las minorías, que nunca pensaron que se llegaría tan lejos.
Ramón Martín