El derecho al dominio político español en el Nuevo Mundo conllevaba implícita la legitimidad de la guerra. Esta es la doctrina de la guerra justa que defendió Juan Ginés de Sepúlveda en la denominada "polémica de los naturales" frente a las tesis de Francisco de las Casas, y que tuvo como resolución la controversia de la Junta de Valladolid sobre los Derechos Humanos en 1550.
Era un humanista, filósofo, jurista e historiador , situado en el lado más extremo y antítesis de la teología española del siglo XVI, que defendió con argumentos difícilmente compatibles con la doctrina de la no-violencia predicada por Jesucristo, por mucho que pretendiera apoyar sus tesis en San Agustín, Tomás de Aquino y otros doctores de la Iglesia.
Juan Ginés de Sepúlveda había nacido en Pozoblanco, Córdoba, en 1490. Desde 1510 a 1515 cursó estudios de artes en la Universidad de Alcalá de Henares, donde obtuvo el título de bachiller, y el de teología en Sigüenza, siendo discípulo del anti-erasmista Sancho Miranda de Carranza.
Mediante una beca concedida por el cardenal Cisneros en 1515, estudió en el Colegio de San Clemente de Bolonia, creado por Gil de Albornoz, que aún existe, y escribió la biografía de su fundador De vita et rebus gestis Aegidii Albornotii. Allí ingresó en la Orden de los Dominicos, entró en contacto con las corrientes humanistas destacándose pronto por su erudición en lenguas clásicas y doctorándose en artes y teología. Durante su estancia, consiguió la protección del príncipe de Capri, el anti-erasmista Alberto Pío, también la amistad de humanista Luis de Lucena, conociendo además a Julio de Médicis y Adriano VI.
Entre los años 1523 y 1526, residió en Roma, sirviendo en la Corte pontificia y asistiendo a las lecciones de Pietro Pomponazzi.
En 1527, se trasladó a Nápoles al lado del cardenal Cayetano (Tomás de Bio), que le encargó la revisión del texto griego del Nuevo Testamento.
Contrario a las reformas eclesiásticas del siglo XVI, entabló correspondencia con Erasmo de Rotterdam, al que combatió por no compartir su idea sobre el libre albedrío, y refutó las ideas de Lutero en De fato et libero arbitrio, libri tres.
Apoyó a Catalina de Aragón, hija de losReyes Católicos, casada con el rey de Inglaterra Enrique VIII,en su obra Antapollogia pro Alberto Pio Comite Carpensi in Erasmum Roterodamum, publicada en Roma y París, en 1532.
En 1535, acompañó al cardenal Francisco de los Ángeles Quiñones a Génova, encargado de cumplimentar a Carlos V. El emperador quedó tan prendado de Ginés de Sepúlveda que le nombró capellán y cronista real. De regreso a España, vivió en la Valladolid cortesana y en su Córdoba natal.
Sepúlveda era un hombre de vasta cultura, conocedor de las lenguas clásicas. Su interés por Aristóteles le llevó a traducir su Política, su Ética y otros libros del Estagirita en 1548, y los Comentarios a la Metafísica de Alejandro de Afrodisia.
De Aristóteles asumió la tesis que defendía que existen hombres que habían nacido para ser esclavos. También estaba a favor del sometimiento de las culturas inferiores, cuya influencia fue determinante para sostener la legitimidad de la Conquista de América en función de infundir a los indios una cultura superior y cristiana. Partiendo de esta tesis racista, calificaba a los indios como bárbaros y justificaba como legítimo y necesario la utilización de la violencia como único procedimiento para erradicar sus ritos idolátricos y su incultura. Fue contrario al espíritu de Las Leyes Nuevas.
A pesar que las conquistas de Cortés y Pizarro ya habían acabado con los dos mayores imperios y regiones de América, Sepúlveda defendió la justicia de aquellas guerras, sentando por principio:
"... que es lícito subyugar con las armas á aquellos, cuya condición por naturaleza es tal, que necesariamente han de obedecer á otros. ..., que siendo los Americanos naturalmente siervos, bárbaros, incultos é inhumanos; y rehusando como lo hacían el imperio de hombres mas perfectos que ellos, era justo conquistarlos y sujetarlos, por la razón misma que la materia se sujeta á la forma, el cuerpo al alma, el apetito á la razón, lo peor á lo mejor."
No satisfecho con querer someter a los habitantes del Nuevo Mundo, incitaba a Carlos V a expandir los dominios del Imperio español hasta Asia Menor, a mayor gloria del Cristianismo y de España, pero sin dejar de mencionar las riquezas existentes en aquella región.
En su Exhortación a Caros V ( Oratio ad Carolum V ut bellum suscipiat in Turcas) escribía al emperador en 1535 con delirios de grandeza, proponiéndole desorbitados planes expansionistas: "¿Por qué no te decides, César, y te lanzas, sin temor, por este camino que Dios y el destino te muestran para las cosas más altas y el dominio del mundo?" Sepúlveda hacía compatible la disciplina militar y la creencia cristiana defendiendo la guerra justa, solo en los casos que: sea declarada por autoridad legítima, con la intención de corregir, actuando con moderación y proporcionalidad, y para repeler agresiones, recuperar el expolio y castigar a los agresores.
Se convirtió en el defensor oficial de la conquista, colonización y evangelización de los indígenas americanos, justificando el derecho de unos pueblos a someter a otros para su civilización superior, y el derecho del dominador sobre el dominado para evangelizarlo y elevarlo a su misma cultura, ya que eran pueblos sin civilizar.
Era lógico que un hombre que razonaba en estos términos rechazase la política irénica y humanista postulada por los principales teólogos de su generación, especialmente chocó de frente con la tesis iusnaturalista de Francisco de Vitoria.
Esta teoría quedó escita en su obra Democrates alter, sive de justi bellis causis suscepti apud Indos ( Diálogo de las justas causas de la guerra): sobre las causas justas de la guerra y la legitimidad de la conquista española en América y sobre la licitud de la guerra por el derecho de los cristianos a hacerla contra los idólatras en virtud de la autoridad del Papa.
El obispo de Segovia, Antonio Ramírez de Haro, consiguió que se prohibiera el ( Democrates Alter gracias a la intervención de Francisco de las Casas y a la influencia de las universidades de Salamanca y Alcalá. Finalmente, Sepúlveda logró publicar en Roma bajo el título de Defensa de las justas causas de la guerra) Apología pro libro de justis belli causis , gracias a la intervención de su amigo Antonio Agustín, presidente del Tribunal de la Rota Romana, y miembro destacado de la Corte pontificia.
"Con perfecto derecho los españoles imperan sobre estos bárbaros del Nuevo Mundo e islas adyacentes, los cuales en prudencia, ingenio, virtud y humanidad son tan inferiores a los españoles como niños a los adultos y las mujeres a los varones, habiendo entre ellos tanta diferencia como la que va de gentes fieras y crueles a gentes clementísimas.
¿Qué cosa pudo suceder a estos bárbaros más conveniente ni más saludable que el quedar sometidos al imperio de aquellos cuya prudencia, virtud y religión los han de convertir de bárbaros, tales que apenas merecían el nombre de seres humanos, en hombres civilizados en cuanto pueden serlo.
Por muchas causas, pues y muy graves, están obligados estos bárbaros a recibir el imperio de los españoles [...] y a ellos ha de serles todavía más provechoso que a los españoles [...] y si rehusan nuestro imperio (imperium) podrán ser compelidos por las armas a aceptarle, y será esta guerra, como antes hemos declarado con autoridad de grandes filósofos y teólogos, justa por ley natural.
La primera [razón de la justicia de esta guerra de conquista] es que siendo por naturaleza bárbaros, incultos e inhumanos, se niegan a admitir el imperio de los que son más prudentes, poderosos y perfectos que ellos; imperio que les traería grandísimas utilidades, magnas comodidades, siendo además cosa justa por derecho natural que la materia obe dezca a la forma."
En contra de esta obra, Bartolomé de las Casas publicó sus Treinta proposiciones muy jurídicas, además consiguió impedir la entrada de este libro en España, e incluso se ordenó la quema de los ejemplares que ya hubiesen entrado; y también se prohibió su envío a las Indias. Pero Sepúlveda, no dándose por vencido, envió el libro al Concilio de Trento, que se desentendió del asunto.
En 1549, el Consejo de Indias propuso la celebración de una reunión de teólogos y juristas en Valladolid, formalizada en Junta, entre los meses de agosto y septiembre de 1550, con el objetivo de solucionar la disputa, que recibió el nombre Controversia de Valladolid. Fue la denominada "polémica de los naturales" el primer debate sobre los Derechos Humanos. Sus contendientes principales fueron Ginés de Sepúlveda y Bartolomé de las Casas.
Sepúlveda, partidario de un Consuetudinarismo aristotélico y de la Razón de estado de Nicolás Maquiavelo, defendió sus ideas sobre la justicia de la guerra contra los indios a causa de sus costumbres caníbales y los sacrificios humanos, por su inferioridad cultural y para evitar guerras entre ellos, argumentos a los que ya se habían opuesto los seguidores del iusnaturalismo de Francisco de Vitoria. Además, él creía que las conquistas eran necesarias por el adelantamiento cultural de España, de forma que la civilización equivalía a derecho del dominador sobre el dominado para evangelizarlo y elevarlo a su misma altura.
Ginés de Sepúlveda basó su defensa en los argumentos siguientes:
1. los habitantes de la Tierra bíblica de promisión, antes de establecerse en ella los israelitas, fueron castigados por haber cometido idolatrías y sacrificios humanos.
2. las palabras de Dios en el evangelio de San Lucas (cap. XIV, v.23) han de entenderse como compulsión física y corporal.
3. San Agustín aprueba que se coaccione a los paganos, y no sólo a los herejes, si bien esto ha de hacerse para apartarlos de la idolatría y predicarles la fe cristiana, no para obligarles a creer en ésta.
4. el Papa San Silvestre, cuando convirtió y bautizó a Constantino, exhortó a éste a que castigase la idolatría con pena de muerte y pérdida de bienes.
5. las palabras de San Pablo en la Epístola I a los Corintios han de interpretarse como potestad de las iglesias y del Papa para predicar a los infieles, subordinando a dicho poder espiritual todas las cuestiones temporales.
6. el poder y potestad que Cristo transmitió a San Pedro y a sus sucesores se extiende a los fieles.
7. los canonistas enseñan que sólo por no guardar la Ley natural, o por ser idólatras, pueden los gentiles ser castigados.
8. los indios eran realmente bárbaros por no vivir conforme a la razón natural y tener muchas costumbres, públicamente aprobadas entre ellos mismos.
9 . aunque la guerra irrita a los indios no por ello debe dejar de hacerse, pues la guerra sirve para preparar la predicación evangélica, y no debe confundirse nunca con ésta, labor tan sólo de frailes y misioneros pacíficos y de vida ejemplar.
10. el Papa tiene mandamiento y poder para predicar el evangelio por todo el mundo, y en consecuencia tiene también potestad para forzar y obligar a oír tal predicación.
11. no es verdad que las guerras a los indios traigan mayores males que sus prácticas idolátricas y de sacrificios humanos, pues sólo en la Nueva España morían sacrificados más de 20.000 inocentes al año, según los viajeros de tales regiones.
12. en la intención de donación pontificia de Alejandro VI en 1493 entraba el ceder a los Reyes Católicos el dominio sobre aquellas tierras y sus habitantes, a fin de que tras el dominio político se facilitase la predicación evangélica.
El rey Felipe II le confirmó en el cargo de cronista en 1556, después de haber sido su preceptor cuando era príncipe. Ese año editó De rebus hispanorum gestis ad Novum Orbem Mexicumque, que era una historia de la conquista del Nuevo Mundo en 30 volúmenes. También una crónica de carácter panegírico sobre el emperador De rebus gestis Caroli V. Pero ya había decididoretirarse a su pueblo natal de Pozoblanco, dedicándose a escribir las obras de historia que le han dado su gran reputación, y allí falleció en 1573, a los 83 de su edad.