A diferencia de la mayoría de ecosistemas del planeta cuya base es constituida por los hábitat que generan los vegetales, la base del hábitat del arrecife de coral depende de los pólipos de coral, organismos del mismo grupo de las medusas, las hidras y las anémonas que reciben el nombre común de cnidarios.
Los pólipos crean una cascara calcárea a su alrededor hecha con carbonato de calcio. Cada nueva generación de pólipos deja a su paso una nueva capa de carbonato de calcio generando una barrera. Esta barrera se convierte en el hábitat para muchas especies marinas.
Pesar de que todos los cnidarios son depredadores por naturaleza, los pólipos de coral han desarrollado una simbiosis con el alga zooxantela. La zooxantela proporciona alimento al pólipo debido a que ella es capaz de realizar fotosíntesis. Aunque un coral puede existir sin el alga, solo los corales simbióticos con la zooxantela crecen a proporciones necesarias para formar las barreras/arrecifes de coral que crean el ecosistema que lleva su nombre.
Los arrecifes de coral crecen lentamente en aguas oceánicas poco profundos y muy cálidos.
Un aspecto paradójico de los océanos tropicales es que son bajos en nutrientes, los arrecifes de coral son como oasis en medio de un ambiente más bien monótono. Aun así son oasis extremadamente hermosos y con una enorme diversidad de especies animales.
Los arrecifes de coral son la joya de la corona de todos los ecosistemas marinos, pues son quienes albergan a la mayor biodiversidad de los mares. Un ejemplo de esto es la Gran Barrera de Coral de Australia, que a pesar de cubrir menos del 0.1% de la superficie del océano del planeta, alberga el 8% de las especies marinas registradas hasta el momento.
La gran multitud de relaciones entre los seres vivos de un arrecife de coral es solo comparable con las que se dan en los bosques tropicales húmedos en los biomas terrestres. Al igual que en el bosque húmedo tropical la competencia entre las especies es intensa, especialmente por espacio y comida.