Trasteando con los programas disponibles en el Centro de Software de Ubuntu he dado con una aplicación realmente sencilla pero muy útil PDF Shuffler. Una estupenda herramienta que nos permite eliminar las páginas innecesarias de un PDF o cambiar su orden con solo arrastrarlas. Su uso es sumamente sencillo, no creo que exista ninguna herramienta en Windows similar. Seleccionamos Import PDF para seleccionar nuestro PDF, editamos y generamos un nuevo PDF exportándolo. Muy sencillo.
Se encuentra disponible en el Centro de Software o desde el terminal: sudo apt-get install pdfshuffler