Nacido en el Castillo de Seebenstein en Austria el 23 de septiembre de 1907, siendo hijo del infante Miguel de Braganza, pretendiente al título de duque de Braganza y al trono portugués, y de la princesa María Teresa de Löwenstein-Wertheim-Rosenberg.
Nieto por vía paterna del rey Miguel I de Portugal y de la princesa Adelaida de Löwenstein-Wertheim-Rosenberg.
La familia de Eduardo Nuño eran los partidarios nombrados miguelistas al trono de Portugal. Los miguelistas eran los partidarios de la descendencia del rey Miguel I de Portugal como la auténticamente legítima para gobernar el país en lugar de la procedente de la reina María II de Portugal, sobrina de Miguel I.
La familia de Eduardo Nuño vivía en el Castillo de Seebenstein, en Austria, donde el emperador Francisco José I de Austria les había garantizado mantener la extraterritorialidad del castillo a fin de que los nuevos príncipes nacieran en territorio portugués. Fueren padrinos de Eduardo Nuño la infanta Adelgunda de Portugal y el infante Alfonso Carlos de Borbón y Austria-Este.
El regicidio
En 1919 murió el infante Francisco de Portugal, y en 1920 el infante Miguel de Braganza renunciaba a sus derechos dinásticos a fin de casarse de forma morganática con una ciudadana estadounidense. Con tal de facilitar la reconciliación entre las dos ramas de la Casa Real portuguesa, el infante Miguel de Braganza, padre de Eduardo, renuncìó en favor de su hijo a sus derechos a la Corona.
En 1921 Eduardo Nuño y su madrina y regente, la infanta Adelgunda de Portugal, duquesa de Guimaraes, publicaron un manifiesto para la restauración de la monarquía portuguesa. A partir de este momento, tanto Eduardo Nuño como el rey Manuel II de Portugal presuntamente vieron la necesidad de llegar a un acuerdo que eliminara las diferencias entre las dos ramas de la familia Braganza
El 17 de abril de 1922 se firmó el Pacto de París, en el cual se reconocía a Manuel II de Portugal como único rey de Portugal, y presuntamente se reconocía al príncipe Eduardo Nuño como jefe de la Casa de Braganza y heredero del rey, ya que éste no tenía descendencia. Con este pacto se permitía la unidad de los movimientos monárquicos portugueses.
Con las muertes del infante Miguel de Braganza y del rey Manuel II de Portugal, en 1927 y en 1932 respectivamente, la gran mayoría de los movimientos monárquicos portugueses se unificaron para apoyar a Eduardo Nuño. El último acto de reconciliación se produjo en 1933, cuando la reina Amelia de Orleans, viuda del rey Carlos I de Portugal y madre del rey Manuel II de Portugal, recibió en audiencia Eduardo Nuño.
A pesar de que fueron pocas las voces que no apoyaron abiertamente al duque de Braganza, ciertos opúsculos monárquicos de poca importancia, afirmaron no reconocer a Eduardo Nuño como heredero al trono portugués, ya que su familia no había nacido en Portugal, y en consecuencia habían perdido los derechos dinásticos a la corona lusitana. Estos opúsculos afirmaban que los auténticos herederos de Portugal son los descendientes de la reina María II de Portugal.
Eduardo Nuño recibió una educación eminentemente portuguesa encargada a dos institutrices lusitanas, María Luisa Castelo y María das Dores de Sousa-Prego. Posteriormente recibió estudios por parte del fraile Estevao del monasterio de Cucujaes. A pesar de todo, recibió formación en las escuelas de la Abadía de Ettal en Baviera y en la abadía de Clairvaux en Francia. Posteriormente se licenció en ingeniería agrónoma por la Universidad de Toulouse.
El año 1929, Eduardo Nuño realizó un viaje secreto a Portugal, ya que no podía entrar por la ley de exilio de la familia del rey Miguel I de Portugal, instaurada el año 1834.
Casamiento y descendencia
El 15 de octubre de 1942 se casó en la Catedral de Petrópolis con la Princesa María Francisca de Orleans-Braganza, hija del Príncipe Pedro de Alcántara de Orleans-Braganza y de la Condesa bohemia Isabel María Dobrzenska von Dobrzenicz.
La pareja tuvo tres hijos:
- Eduardo Pío de Braganza, Duque de Braganza y pretendiente al trono portugués, nacido en 1945 en Berna. Se casó en Lisboa con la aristócrata portuguesa Isabel de Herédia.
Eduardo Pío de Braganza
- Miguel de Braganza, Duque de Viseu, nacido en 1946 en Berna.
- Enrique de Braganza, Duque de Coimbra, nacido en 1949 en Berna.
Infante Miguel,duque de Viseu (N. 3-12-1946), hermano del duque de Bragança, soltero.Infante Henrique,duque de Coimbra (N. 6-11-1949), hermano del anterior, soltero.
La boda entre Eduardo Nuño y la princesa María Francisca aportó legitimidad a la candidatura de Eduardo Nuño por las múltiples vinculaciones históricas entre los Braganza del Brasil y los de Portugal. Además, la tradición liberal de la Casa del Brasil contribuye a modernizar la conservadora imagen de la familia de Eduardo Nuño.
Retorno a Portugal
El 27 de mayo de 1950, la Asamblea Nacional portuguesa anuló las leyes de exilio de 1834 y de 1910. A pesar de todo, Eduardo Nuño no retornó hasta el año 1952, después de un importante accidente automovilístico en Thionville. Desde 1952, Eduardo Nuño habitó en una residencia portuguesa que le facilitó la Fundación Casa de Braganza.
Después del establecimiento de su residencia en Portugal, tuvo una prolongada disputa contra María Pía de Sajonia-Coburgo Gotha y Bragança, una supuesta hija natural del rey Don Carlos I y, por tanto, media hermana del rey Don Manuel II, por la propiedad y por el liderazgo de la Casa Real Portuguesa.
A pesar de la cercanía de António de Oliveira Salazar respecto a los ideales monárquicos, una posible restauración no se vio concretada durante su largo ejercicio como primer ministro (1932-1968).
El año 1974, Eduardo Nuño cedió su residencia del Palacio de San Marcos en la Universidad de Coímbra trasladándose a vivir al Monasterio de Vila Viçosa, al sur del país, con su hermana, la infanta Felipa de Braganza, donde murió el 24 de diciembre de 1976.