El film nos va presentando diversos flashbacks donde mediante las canciones conocemos la historia de Hedwig. Nacido en la parte oriental del muro de Berlín, Hedwig busca su identidad sexual, cuando conoce a un oficial del ejército norteamericano que lo conquista amorosamente; en una clara referencia al cuento de los hermanos Grimm; sembrando literalmente el camino de ositos de goma (el protagonista se llamaba Hansel, antes del cambio). Para poder salir del Berlín Oriental, Hansel acepta un cambio de sexo, y se somete a una operación remendona, que le deja con su “pulgada irritada” y que no consigue mantener a su lado al enamorado militar. Decidido a dedicarse a la música adopta el nombre de Hedwig de su madre. Sus actuaciones en antros de la América Profunda, frente a paletos y asombrados clientes, siguen las huellas de Tommy Gnosis (excelente Michael Pitt), antiguo enamorado que traicionó a Hedwig, y se apropió de sus canciones para triunfar. Una historia de amor que crece a caballo entre el dramón desatado y el esperpento. El viaje iniciático de Hansel/Hedwig persiguiendo a su antiguo amante para tratar de encontrarse a sí mismo, culmina en la catarsis final donde Tommy le canta, desgranando todo lo que Hedwig significó para él. El protagonista regala su peluca fetiche a su marido (interpretado por Miriam Sor) y se marcha, no importa adonde, para habitarse definitivamente.
Es una leyenda acerca de cómo el ser humano en el origen estaba unido (vía Aristófanes) por la espalda. Llenos de celos, los dioses deciden separarlos, creando dos seres distintos que andan siempre tratando de encontrar su otra mitad, para ponerlas de nuevo juntas. Convirtiéndose en metáfora de la tragedia del protagonista, deviene una de las mejores escenas, donde la banda interpreta esta compleja mitología en un antro, al tiempo que los rednecks devoran alitas de pollos asombrados ante el bizarro espectáculo, pero sin dejar de masticar. Algunos temas están contrapunteados por dibujos animados elementales, básicos, pero de una efectividad fuera de toda duda, que ayudan a avanzar a la trama y le añaden una atmósfera sicodélica, en una unión inevitable, esencial entre imagen y palabra, realizados por Emily Hubley.
En Radio de Medianoche, surgen referencias a artistas como Yoko Ono, Tina Turner, Nico, Patti Smith y otras musas inspiradoras del rock.