Probablemente por presiones de esta nobleza adicta a Wamba, Egica que lo primero que hace al acceder al trono es repudiar a su mujer (hija de Ervigio), lo que le llevó a enfrentarse con parte de la nobleza (que es fiel a los hijos de Ervigio) y a parte del alto clero (por abandonar a su mujer).
Se tramó una conjura entre estos dos sectores descontentos (con el apoyo del Arzobispo de Toledo, cabeza de la iglesia visigoda), pero fue descubierta a tiempo por el rey. Egica aprovechó para realizar una gran purga nobiliaria e incluso entre el clero.
Los malos años de cosechas continuaron. Egica debe condonar de nuevo los tributos en especie en 691. Esta situación de penuria y escasez agravó los efectos de una epidemia depeste bubónica que se declaró en el reino (sobre todo en la zona de SE de Francia). Esta epidemia quedará latente durante años en la Península y tendrá nuevos rebrotes virulentos en 707 y 709.
Todo esto (hambre, epidemias, revueltas nobiliarias, abusos del episcopado, etc.) lleva a un gran descontento social. Los sectores más desfavorecidos (siervos y esclavos) son los que más sufren todas estas penurias. Muchos de ellos deciden huir de sus señores y dedicarse al bandidaje. La situación debió ser muy grave ya que el rey Egica tuvo que legislar repetidamente contra los esclavos fugados y las personas que les daban cobijo.
Otro problema social se desata en esta época: se acusa a los judíos de proselitismo (intentar captar nuevos fieles entre la población cristiana) y conspirar en favor de una invasión musulmana. Egica legisla duras medidas contra este estamento de población. Muchos judíos cayeron en la esclavitud y vieron confiscados sus bienes, que fueron repartidos entre los nobles adictos al monarca.
Como ya hicieran muchos otros monarcas visigodos, Egica intentó dar continuidad a su familia en la realeza, asociando a su hijo Witiza al trono en 695. También, como ocurrió tantas otras veces, la nobleza se opone y se rebela a principios del nuevo siglo. Esta revuelta se logró dominar muy a duras penas, tal es así que Witiza (a la muerte de su padre en 702) debe plegarse a los deseos de las facciones nobiliarias
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