La historia del Arca de Noé, según los capítulos 6 al 9 del libro del Génesis, comienza como sigue:
Yahvéh Elohim observó que los hombres se estaban multiplicando sobre la faz de la Tierra y la maldad crecía, por lo que decidió destruir al hombre.
Cuando Noé completó el arca, entraron él, su familia y todos los animales. «Aquel día fueron rotas todas las fuentes, y las cataratas del cielo se abrieron, y hubo lluvia sobre la tierra cuarenta días y cuarenta noches». El diluvio cubrió hasta las montañas más altas. y todas las criaturas de la Tierra murieron; sólo Noé y los que estaban con él en el arca sobrevivieron.
Finalmente, después de muchos días, el arca se asentó en el monte Ararat, y las aguas retrocedieron por algunos días hasta que emergieron las cimas de las montañas. Entonces Noé envió a un cuervo que «salió, y estuvo yendo y volviendo hasta que las aguas se secaron sobre la tierra». Luego Noé envió una paloma, que regresó porque no tuvo donde posarse. Noé envió de nuevo a la paloma y regresó con una hoja de olivo en su pico, y entonces supo que las aguas se habían retirado. Noé esperó siete días más y envió a la paloma una vez más, y esta vez el ave no regresó. Pero tuvo que esperar unos días mas, entonces él y su familia y los animales salieron del Arca, y Noé ofreció un sacrificio a Yahvéh, y éste decidió que nunca volvería a maldecir a la Tierra debido al hombre, y que no volvería a destruir toda la vida en ella.
Las medidas del arca figuran en el capítulo 6, versículo 15, del libro del Génesis: 300 codos de eslora, cincuenta codos de manga y treinta codos de puntal. Respetando las medidas mencionadas más arriba da el equivalente a un buque de carga de 14.450 toneladas de arqueo bruto, unos 41 mil metros cúbicos de espacio interior. Las tres cubiertas suministrarían una superficie total de 9.100 m². Casi todo el espacio disponible sería para la carga útil, pues era simplemente una caja destinada a flotar al garete y no debían llevar más que el alimento y el agua necesarios. Las proporciones coinciden sorprendentemente con la arquitectura naval moderna: 1 : 1/6 : 1/10. Esta caja sería involcable en cualquier condición de mar imaginable.
La historia del Arca contada en el Génesis tiene paralelos en el mito sumerio de Utnapishtim, que cuenta cómo un antiguo rey fue advertido por su dios personal de que construyera una embarcación en la que escaparía de un diluvio enviado por el consejo superior de los dioses.
A comienzos del siglo XVIII, el crecimiento de la biogeografía como una ciencia significó que pocos historiadores naturales sintieran que podían justificar una interpretación literal de la historia del Arca. No obstante, algunos fundamentalistas bíblicos continúan explorando la región del monte Ararat (en el noreste de Turquía), donde la Biblia dice literalmente que se asentó el Arca de Noé.
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