Una delegación contra la tortura del Consejo de Europa que visitó la instalación en 2014 criticó, en un duro informe posterior, el lamentable estado del centro de Aluche, “más bien típico de un ambiente carcelario, con rejas en las ventanas, en los corredores y en las celdas y restricciones en los contactos con el exterior”. Según pudo constatar esta institución, en una misma “celda” de 24 metros cuadrados, sin baño y cerrada durante toda la noche, hay, en ocasiones, hasta ocho personas encerradas. El Consejo de Europa se hizo eco de las “numerosas alegaciones de malos tratos perpetradas por el personal del centro”, coherentes con los informes médicos, y pidió una investigación “inmediata e imparcial” al Gobierno, que nunca se hizo. Y, en un informe publicado por SOS Racismo, en 2015, sobre la situación de los CIE en España, sitúa a este centro en la “ilegalidad”, al no haberse adaptado al nuevo Reglamento de funcionamiento que entró en vigor en 2014.
El CIE madrileño ya estuvo en el ojo del huracán tras la muerte de la congoleña Samba Martine, que falleció de VIH tras pasar 38 días en 2011, sin recibir la adecuada asistencia médica. Aunque en un principio se archivó el caso, la Audiencia Provincial de Madrid consideró en un auto de 2014 que, de haber sido atendida adecuadamente por los médicos del centro, su muerte se podría haber evitado. Samba acudió hasta en 10 ocasiones al servicio médico del CIE con fuertes dolores pero, según el auto, no siempre fue atendida por médicos, ni se le realizaron análisis de sangre, ni se le facilitó un traductor.