En torno a 1472 doña Isabel Ruiz Esquivel, viuda de Juan Sánchez de Huete, alcalde mayor de Sevilla, funda un beaterio en Triana origen del convento dominico de Madre de Dios, cuyos hábitos serían tomados en 1476. Como las inundaciones esta parte del río de la Puerta de Triana (se cree que por la zona de la actual calle Zaragoza) eran frecuentes y en 1495 sufren una pérdida total del edificio, las beatas deciden rogar a la reina su intervención para conseguir un nuevo retiro.
La intercesión de Isabel la Católica le permitirá trasladarse de su emplazamiento original a la actual mediante la concesión de unas casas y sinagoga confiscadas frente a la iglesia de San Nicolás a unas familias judías que fueron expulsadas por orden de los reyes de 3 de agosto de 1492.
En 1551 se construyeron nuevas dependencias para agregarse a lo que sería el convento definitivamente y para ello se hizo una remodelación del complejo, para adaptarlo a los condicionamientos tipológicos de la vida conventual.
Posteriormente, en 1570, tres religiosos de la Orden de Predicadores llamados Antonio de Torres, Bernardino de Vich y Antonio de Zúñiga junto con María de Santa Ana, Priora del Monasterio, cumplieron los deseos de doña Juana de Zúñiga, Marquesa del Valle de Juajuaca y viuda del conquistador Hernán Cortés.
El 5 de Noviembre de este mismo año, firmaba el maestro fray Alonso de la Milla, el Provincial en Andalucía de la repetida Orden, la licencia necesaria para que adjudicasen la Capilla Mayor y el entierro de la Marquesa. Sin tardanza se otorgó la correspondiente escritura, obligándose a la nueva Patrona a invertir entre otros dos mil ducados en el retablo y en la plata necesaria para el culto. Para ello se le encargó la realización de un retablo a los maestros escultores Jerónimo Hernández y Juan de Oviedo, "el viejo". Por otro lado, el dorado, la pintura y el estofado del mismo, fue encargado a Luis de Valdivieso y Antonio de Alfian.
Por este dato es lógico pensar que fue Jerónimo Hernández quién probablemente esculpiera entre 1570 y 1573, las esculturas entre las que destaca el Cristo Crucificado con la Virgen, San Juan, y María Magdalena formando el Calvario, que figuran en el ático del Retablo Mayor.
Además se puede decir que el interior de la iglesia es de una sola nave cubierta por artesonados de rica laceria, tal vez los mejores que en esta época se labraron en Sevilla. Un arco toral sostenido por columnas dóricas con pinturas de Lucas Valdés y antepecho de hierro forjado, ejecutados por Pedro de Valera, separa la capilla mayor del resto del cuerpo de la iglesia. La techumbre es de alfarje mudejar en su totalidad.
El convento gozo rápidamente de enorme prestigio y contó con la presencia de familias muy importantes de la sociedad quienes aportaron caudales y bienes para adquirir pinturas, esculturas, retablos y orfebrería necesaria para la ornamentación de las paredes y para la celebración de los actos litúrgicos.
Así que a este convento acudieron lo mejor de la sociedad de la época, entre ellos, la mujer e hija del conquistador de México, don Hernán Cortés, doña Juana de Zúñiga y su hija doña Catalina Cortés enterradas a ambos lados del presbiterio; su nuera Ana de Arellano; tres de las bisnietas de Cristóbal Colón en el siglo XVI (Isabel, María de la Concepción y la que también fuera priora Agustina de la Encarnación); familiares de Justino de Neve, mecenas de Murillo, así como una hija de éste; o tres hijas de don Jorge de Portugal, Conde de Gelves.
Igualmente participaron los mejores artistas de la época en el desarrollo del convento y fueron muchos los personajes importantes de la ciudad que tuvieron su entierro en el recitanto monacal, como el licenciado Diego Vanegas; Beltrán de Cetina, padre del poeta Gutierre de Cetina; Martín Hernández Hontañón y su esposa Luisa de Portocarrero; Juan Bautista de Medinilla y Catalina de la Cueva; Cristóbal de Fonseca e Isabel de Salcedo; el doctor Martín Fernández de Herrera; y el caballero veinticuatro Juan Pérez de Armiño, entre otros.
La desamortización de Mendizábal en 1837 les privó de numerosas fincas urbanas y agrícolas, por lo que su economía se resintió de forma significativa, agravada al máximo con la expropiación durante la primera República.
En 1868, la comunidad se trasladó al convento de San Clemente durante nueve años. En este año las religiosas fueron exclaustradas, volviendo al convento a finales del siglo XIX aunque para esa fecha el convento había sido ya dividido, alojándose algunas entidades públicas en algunas de sus estancias.
Fueron segregados del recinto monacal la huerta, parte de la nave de dormitorios, el claustro, las escaleras principales del convento, el refectorio y el capítulo.
Durante este periodo estuvo a punto de ser derribado para convertirlo en mercado de abastos y sólo la férrea defensa del patrimonio sevillano del sacerdote y erudito Mateos Gago evitó su demolición.
Tres cuartas partes de la manzana pasaron a ser Escuela de Medicina, posteriormente escuela de Comercio y actualmente CICUS, centro de iniciativas culturales de la Universidad de Sevilla, donde se encuentra el claustro principal, antiguas naves de celdas de las religiosas y la sala De Profundis.
A la vuelta, la comunidad partió de cero en un espacio muy deteriorado y sólo la tremenda fe y capacidad de sacrificio de las monjas consiguieron devolver al convento la riqueza que ahora podemos apreciar. En 1971 fue declarado Monumento Nacional y, aunque en la actualidad sufre muchos y grandes deterioros, se ha puesto en marcha un proceso de rehabilitación del que ya se están viendo sus frutos.