El convento de Madre de Dios está situado en uno de los ejes históricos de penetración a la zona más antigua de la ciudad, en pleno barrio de San Bartolomé.
El conjunto de edificaciones que constituyen el convento se organizan en torno a tres elementos que son datables en el siglo XVI: la iglesia, un pequeño patio que hace de claustro y otro de mayores dimensiones que sirve de jardín.
El templo contó con la supervisión de los arquitectos Juan de Simancas y Pedro Díaz de Palacios. Es del tipo de cajón rectangular de nave única, se remata con cabecera cuadrada y coro alto y bajo a los pies, que se emplean también como capítulo al perderse la primitiva sala capitular.
La portada a la calle San José se debe a Juan de Oviedo (c. 1590) y destaca sobre la sobriedad de la fachada. En su interior sobresalen los magníficos artesonados de la nave, capilla mayor y forjado del coro.
La clausura gira alrededor de un pequeño patio que hace las veces del claustro perdido, siendo uno de sus lados medianero con el coro de la iglesia. Es de planta cuadrada, adintelado con columnas de mármol sobre pedestales de fábrica en las dos plantas y vigas de madera en la planta baja. Alrededor de él se ubican, entre otras dependencias, el refectorio y el despacho de la abadesa en la planta baja y celdas en la planta alta, además de servir de cementerio de la comunidad, según prescriben sus reglas.
El otro patio es de planta irregular. Consta de tres galerías a tres alturas en algunos de sus tramos y alrededor de él se distribuyen parte de la antigua nave de dormitorios, la enfermería baja y algunas celdas. Este patio sirve de jardín y es el resto que ha quedado del primitivo huerto. El espesor y los materiales de su cerramiento exterior indican que éste probablemente formaría parte de la antigua cerca interior de la Judería.
El noviciado ocupa el espacio existente tras el muro de la iglesia paralelo a la fachada, y que se conecta con el resto de dependencias a través de un estrecho pasillo.
La fachada del convento la componen la nave de la iglesia, y una crujía edificatoria lineal en la que se sitúa el acceso al convento y las zonas de contacto con el exterior, torno, locutorios, puerta reglar y de obras y vivienda del portero. Esta edificación data de finales del siglo pasado y es de un peculiar estilo neogótico-mudéjar.
La portada de la Iglesia de finales del siglo XVI, labrada en piedra, muestra los escudos de los Reyes Católicos y de la orden dominica sobre ellos, un relieve de Juan de Oviedo nos muestra a la Virgen, entregando el Rosario a Santo Domingo con el perro, emblema de la orden, a sus pies y el padre eterno en el ático, el cajón de entrada al templo, ricamente tallado por Manuel Barrera, data de 1775.
La Iglesia es de las llamadas de cajón con una sola nave rectangular, coros alto y bajo a los pies y presbiterio. La cancela de entrada, en madera, fue realizada por Manuel Barrera en 1775.