El retablo mayor que presenta este templo imponente no es el original de Juan de Oviedo de 1570, con tallas de Jerónimo Hernández y financiado por doña Juana de Zúñiga.
De aquel se conservan algunas imágenes como la Virgen del Rosario que preside el retablo actual, el relieve de la última cena en el primer cuerpo o las figuras del calvario en el ático. También se han conservado las esculturas de Santa Catalina y Santo Domingo, ambos en posición orante en el coro bajo y un resucitado en antecoro alto.
El retablo mayor actual fue realizado por Francisco de Barahona entre 1702 y 1704 y costeado por el capitán Andrés Bandorne.
Consta de tres cuerpos y tres calles separadas por cuatro columnas salomónicas y rematado todo ello por un ático. En la izquierda, mirando al frente, vemos a San Pedro y a Santo Tomás de Aquino y, en la derecha, a San Andrés y San Vicente Ferrer.
No se conoce con total seguridad el origen y la autoría del Cristo que corona el ático del del retablo mayor, aunque es lógico pensar que fue Jerónimo Hernández quién probablemente esculpiera, entre 1570 y 1573, las esculturas entre las que destaca el Cristo Crucificado con la Virgen, San Juan, y María Magdalena formando el Calvario.
La obra del crucificado está realizada en madera tallada y policromada. Mide 170 centímetros de altura, 154 de ancho por la extensión de los brazos y 49 de profundidad. Es de estilo manierista de la escuela sevillana y nunca ha sido expuesto fuera del retablo. Aún así, el Instituto Andaluz de Patrimonio Histórico ha estudiado la obra para su restauración y nos la describe de esta manera:
"El Cristo del Convento Madre de Dios, es un crucificado muerto fijado a una cruz mediante tres clavos. Una serie de características de su anatomía muestran que se representa en el momento inmediatamente posterior a la muerte, como la posición del tórax en inspiración profunda, con el plano anterior levantado, las costillas marcadas y el vientre abultado. Además tiene aún los músculos en tensión pero ya comienzan a relajarse, los brazos están levemente descolgados con respecto a la cruz y las manos semicerradas. Por otro lado, la cabeza se inclina hacia delante y a su derecha.
El rostro, un poco alargado, presenta unos rasgos faciales de rigidez cadavérica con un color pálido amarillento producido por la deshidratación.
Además, los ojos están prácticamente cerrados acentuándose su hundimiento y las cejas aparecen algo arqueadas. Los pómulos son prominentes, la nariz es recta y afilada además la boca está entreabierta.
El cabello es castaño y ondulado, con raya en el centro, porta una corona de espinas entretejidas punzantes y alargadas que le producen numerosas heridas, y además lleva una barba al igual que el cabello, también castaña y ondulada.
El cuerpo se desplaza un poco y produce un ligero resalte en la cadera derecha para permitir la superposición de los pies. El sudario, anudado a su derecha y de color blanco, se dispone con paños abiertos entre los que se puede ver parte del muslo derecho. Inclina las piernas hacia su lado izquierdo, flexionando las rodillas en posición paralela y coloca el pie derecho sobre el izquierdo.
Esta policromado de manera muy sangrienta cayendo gran cantidad de sangre por la cabeza, el torso, los brazos y las piernas, reproduciendo los efectos traumáticos de los azotes y de los golpes. Presenta un tratamiento anatómico de gran realismo y elegancia con un sentimiento religioso delicadísimo.
Al llevar a cabo el análisis estilístico del Cristo, se observa como la figura muestra la factura, el virtuosismo, la robustez clásica y las formas manieristas que destacan en Jerónimo Hernandez, a quien se le atribuye esta obra.
Este autor manierista que fue un gran dibujante, resolvía cualquier problema anatómico en la escultura acusando los músculos, nervios y venas de las figuras sin apartarse por ello de la justa medida y de una adecuada proporción, como ocurre en esta imagen. Se trata de un cuerpo energético y rotundo pero con una belleza ideal en el rostro que se tiñe del realismo de inspiración popular, penetrando ya en la esfera del Barroco. El estilo de Hernández revela, pues, en su etapa de madurez los caracteres estilísticos de la corriente manierista que orientó a la escultura española durante el tercio final del siglo XVI.
Por todo esto, se puede decir que aprovechó las enseñanzas estéticas pero dándole inspiración propia, lo que le llevó a observar la realidad, transmitiendo a sus creaciones unos sentimientos locales. Lo cierto es que la evolución estilística de Hernández resulta sorprendente si se compara el relieve de San Jerónimo penitente, que abría su catálogo artístico en 1566, con el Resucitado de la Cofradía del Dulce Nombre, entregado en 1583, ya que entre ambos asuntos mediaba la misma diferencia que la existente entre la herencia berruguetesca y el romanismo propugnado por Trento."
Hemos hecho antes referencia a la figura, sin duda, importantísima de Andrés Bandorne quien fue un importante mecenas de este convento de Madre de Dios.
Entre 1682 y 1697, se acometieron importantes obras en su iglesia costeadas por este benefactor, entre ellas el impresionante retablo, obra de Francisco de Barahona, dorado y estofado por José López y en el que se aprovecharon imágenes y otros elementos del anterior retablo de Jerónimo Hernández. Pero su obra fue aún mayor.
El 22 de febrero de 1687, el capitán Andrés Bandorne, vecino de la collación de San Nicolás, dotó en el convento de la Madre de Dios la festividad del Corpus Christi.
Dejó para ello 3.600 ducados que rentaban anualmente 180 ducados. La dotación comprendía Misa mayor, Vísperas y Completas el día del Corpus, seis misas cantadas del Corpus Christi y otra de dominica, en la octava. Además, una procesión, “como antiguamente solía salir deste dicho convento”, en un domingo de julio, el más próximo a la festividad de San Buenaventura, en que se diría misa solemne cantada.
La procesión se haría por la tarde, rodeando el perímetro del convento: saldría por la puerta grande de la iglesia, bajaría a la puerta reglar, siguiendo la calle de su dormitorio y por el pasadizo hasta la plazuela de su sacristía, para volver a entrar por la puerta principal. En la procesión, además de la custodia, irían una imagen de la Virgen, con su hijo en los brazos, otra de Santo Domingo y otra de Santa Catalina de Siena. La procesión iría acompañada de un grupo de cantores y cada imagen por dos ministriles. Además, irían una o dos danzas y se dispararían ruedas y cohetes de fuego.
"Libro de donación del Capitán Bandorne a favor del Monasterio de Madre de Dios de la Piedad". Se puede ver en la exposición "Ex oratione praedicare".
En 1692, la dotación se aumentó con otros 3.400 ducados. Gracias a ello, la procesión se incrementó con otras imágenes del Niño Jesús, San Francisco, Santo Tomás de Aquino, la Virgen del Rosario, Nuestra Señora de la Montaña, San Vicente, Santa Rosa y la imagen de plata de la cabeza de San Laureano, todas ellas en pasos bien adornados. Además de los gigantes y las danzas, irían doce niños con hachas delante del guión, y acudiría la música de la catedral. Se incrementaría el número de ministriles y los fuegos de artificio.
La procesión se anunciaba el día antes, con música de clarines y de un tambor, con acompañamiento de un alguacil y un pregonero que anunciaba la fiesta a lo largo de las calles del recorrido. Estas se adornaban y cubrían con arrayán, el cual proporcionaba un elemento sensorial odorífico añadido y característico de esta y otras procesiones. Se celebró hasta 1834.