Los retablos laterales de la iglesia de Madre de Dios son, posiblemente, los mejores retablos del Renacimiento tardío que existen en Sevilla y están todos atribuidos a Miguel Adán. Fueron construidos entre el siglo XVI y XVII.
1.- Retablo de San Juan Evangelista.
Girando a la izquierda mirando al altar mayor nos encontramos el retablo de San Juan Evangelista escribiendo el Apocalipsis en la isla de Patmos. La imagen principal está rodeada de numerosos relieves en los que aparecen escenas de la vida del Santo, la Sagrada Cena y el Apocalipsis.
En el ático se nos muestra un crucificado rodeado por los apóstoles.
A los pies del retablo podemos apreciar un magnífico zócalo cerámico de Cristóbal de Augusta del siglo XVI, que representa a los cuatro jinetes del Apocalipsis, del que desgraciadamente se han perdido parte de los azulejos y que está en vías de restauración.
2. Retablo del Entierro de Cristo.
A continuación tenemos el retablo del entierro de Cristo, de inspiración flamenca, construido en torno a 1525, aunque hay quien lo atribuye a Juan Gui Romano de principios del siglo XVII.
A los dos lados hay cuatro tablas, las dos superiores, San Andrés y Santiago, y la visitación son de Villegas Marmolejo de 1575, en tanto que las inferiores, la imposición de la Casulla a San Ildefonso y el Martirio de Santa Catalina son de fecha de ejecución del retablo de 1620.
La tabla central del Entierro de Cristo es de la escuela flamenca, de hacia 1525. Los Santos Varones portan el cuerpo muerto del Señor, y junto a él, en el centro del cuadro, está la figura dolorosa de la Virgen con las manos juntas como conteniendo su dolor.
Alrededor de ellos se encuentran la Magdalena, que toma la mano izquierda de Cristo con su mano derecha y en la izquierda lleva el frasco de los perfumes, quien va junto a las otras Santas Mujeres, y un grupo de personas hacia el fondo del cuadro. Entre ellas resaltan dos figuras de mujer: una levanta las manos en un gesto de asombro, y la otra aparece con las manos juntas para reprimir su dolor. El conjunto es una composición admirable de personas acompañando a Cristo, cuando ya va a ser puesto por los santos varones en el sepulcro.
En este cuadro se pone de manifiesto el sentido compositivo de la escuela flamenca de pintura, que se une a la riqueza cromática del conjunto, y la descripción detallada de los rostros en todas las figuras, que llegan a ser verdaderos retratos.
Esta tabla en la iglesia del convento de Madre de Dios es una de las joyas pictóricas de este templo. Recuerda en algunas de sus figuras pintadas en ella, los rostros y los gestos de pinturas de Van der Weiden, que tratan el mismo tema de la pasión del Señor.
"Este retablo y altar con su bóveda...(¿donde?)... la boca está a la entrada de esta Santa Iglesia es del Capitán A. López Romero y de Doña Catalina Palacios y Torres su mujer y de sus hijos y herederos descendientes y de quienes ellos quisieren. Acabose año de 1620."
Esta sepultura es para la gente de casa del Capitán A. López Romeroy Doña Catalina Palacios su mujer y de sus herederos. 1620 años.
3.- La caja o cancela de entrada.
El imponente cancel (o cancela, o caja, de esas formas también se puede llamar) de entrada fue realizado totalmente en madera por Manuel Barrera en el año 1775. Es de estilo barroco.