El Prinz Eugen luchó junto con el acorazado alemán Bismarck contra el crucero de batalla HMS Hood y el acorazado HMS Prince of Wales el 24 de mayo de 1941. Tras ordenársele dejar al Bismarck, enfiló hacia el sur junto con un barco de aprovisionamiento de combustible para evitar la cacería de los barcos británicos. Después de esquivar varias unidades británicas que buscaban al Bismarck, el buque arribó al puerto de Brest, Francia el 1 de junio de 1941. Este puerto era bombardeado regularmente por la Real Fuerza Áerea británica (RAF) y así, la noche del 10 de julio, el Prinz Eugen fue alcanzado por una bomba que detonó en el centro de dirección de armamento, matando a cerca de 60 tripulantes.
Tras la pérdida del Bismarck, Hitler prohibió incursiones adicionales de las unidades alemanas de superficie y, temiendo una invasión de Noruega, organizó una arriesgada operación durante los días 11 y 12 de febrero de 1942: Con los acorazados Scharnhorst y Gneisenau, el Prinz Eugen atravesó el Canal de la Mancha (Operación Cerberus) para regresar a Alemania y prepararse para su estadía en Noruega.
El Prinz Eugen dejó Alemania en ruta a Noruega en febrero de 1942. A los 23 días de travesía fue interceptado por el submarino HMS Trident, que lo torpedeó, destruyendo parte de la popa. El Prinz Eugen no estuvo operativo nuevamente hasta 1943, cuando Hitler ya había relegado a todas las unidades pesadas de la Marina de superficie a actividades de entrenamiento.
Hacia finales de la guerra, el Prinz Eugen fue utilizado para atacar a las unidades rusas de avanzada a lo largo de la costa del Mar Báltico, así como para transportar refugiados alemanes de regreso a Alemania. El 15 de octubre de 1944, embistió al crucero ligero alemán Leipzig en el mar Báltico, casi cortándolo en dos. Durante 14 horas ambos buques derivaron encajados, siendo un perfecto blanco para los submarinos rusos, hasta que pudieron separarse. Al final de la guerra, el barco era uno de los dos únicos buques de superficie operativos de la Marina alemana; el otro era el crucero Nürnberg. El Prinz Eugen se rindió en Copenhague el 7 de mayo de 1945.
Tuvo la oportunidad de realizar una prueba de fuego más, pues fue cedido a los Estados Unidos y comisionado en su Armada con el identificador IX-300 USS Prinz Eugen. Tras cruzar el Atlántico con sus propias máquinas y con parte de la tripulación original, llegó a los puertos del Atlántico y fue sometido a una serie de pruebas técnicas. Luego fue transferido al Pacífico, por lo que realizó otra vez con sus propios medios el largo recorrido hasta el Pacífico Sur, donde se unió a la flota de blancos usada para la Operación Crossroads, en la que se ensayaban los efectos de explosiones atómicas en los atolones del Pacífico Sur.
El Prinz Eugen sobrevivió sorprendentemente a las pruebas nucleares denominadas Able y Baker efectuadas en julio de 1946, pero estaba demasiado afectado por la radiación para que se le repararan las vías de agua creadas por la prueba Baker, que fue submarina. En diciembre de 1946 zozobró y terminó por hundirse en las aguas poco profundas del atolón de Kwajalein, lugar donde sus restos permanecen. En 1979, una de las hélices fue rescatada y ahora es preservada y mostrada en el monumento a la Marina alemana ubicado en el puerto de Kiel.
Fuentes:
http://es.wikipedia.org/wiki/Prinz_Eugen
http://www.forosegundaguerra.com/viewtopic.php?f=24&t=9743&start=180
http://www.prinzeugen.com/