En 1912-1913 en la derrota en las guerras balcánicas contra Rusia pierden el 85% de sus territorios en Europa. Por fin en 1914 Turquía entra en la guerra europea al lado de Alemania y Austria-Hungría , a pesar de la oposición de algunos ministros.La dirección del comité Unión y Progreso de los Jóvenes Turcos ya dejan entrever sus intenciones al declarar que su intención no es solo liberarse del peligro sino la protección de “nuestra identidad nacional” , y liberar al mundo musulmán de los infieles. Pretenden la unificación étnica y religiosa , en la cual las minorías no tienen cabida. Algunos ya preveían una masacre, así el embajador estadounidensee en Constantinopla Henry Morgenthau ante los informes que recibe. Las tropas turcas se despliegan en el Caucaso ante la posibilidad del ataque ruso y en las provincias orientales de Anatolia empiezan los arrestos y deportaciones de armenios.Los armenios estaban enrolados como soldados en el ejercito,pero la rebelión de un grupo de ellos que apoyan a los rusos sirve de pretexto para culpar a toda la comunidad. En la primera ofensiva contra Rusia , en enero de 1915 son aniquilados 90.000 soldados turcos. El ministro de la guerra Enver Pacha escribe al obispo armenio de Konya que los soldados armenios habían cumplido con su deber, pero a pesar de ello ordena el desarme de los soldados armenios que son asignados a batallones de trabajo.El cónsul alemán en Alepo informa a su embajador de que los armenios han sido convocados sin duda para ser deportados , pero el embajador alemán Falkenhayn apoya las decisiones de las autoridades turcas y se niega a intervenir.
En su retirada ante el avance del ejercito ruso las tropas turcas masacran a 24.000. armenios en la provincia de Vam, los supervivientes se refugian tras las murallas y resisten durante 27 días hasta ser liberados por los rusos. Esta resistencia es calificada por las autoridades turcas cinicamente de insurrección y de nuevo sirve de pretexto para una redada en Constantinopla donde en una noche son arrestados 600 intelectuales armenios (24 de abril) y posteriormente asesinados o deportados.Un mes después los aliados dirigen una carta a las autoridades turcas en las que hablan de “crímenes contra la humanidad” y amenazan con pedirles cuentas tras la guerra si no paran las deportaciones y matanzas. Las autoridades turcas responden negando las masacres y afirmando que no aceptan injerencias en sus asuntos internos.El propio embajador alemán Falkenhayn al tiempo que apoya las medidas también afirma en sus cartas que los turcos provocan estas masacres por algo mas que razones militares, pretenden aprovechar la guerra para deshacerse de sus enemigos internos.El ministro del interior Talaat Pacha anuncia una ley provisional de deportación por la que se oficializa lo que ya se esta haciendo de hecho.Al tiempo crea una organización secreta en el comité Unión y Progreso que se encarga de organizar las deportaciones que después de concentrarlas en varios puntos las dirigen a su destino final en los desiertos de Siria.El procedimiento utilizado era el siguiente: se hacia una proclamación mediante carteles o pregoneros donde se anunciaba la deportación , en muchas ocasiones les obligaban a firmar un documento donde afirmaban marcharse voluntariamente, se separaba a los hombres que con frecuencia eran ejecutados en las afueras de las poblaciones, las mujeres los niños y los ancianos partían caminando en convoyes en los que no se les permitía lavarse, apenas se les daba comida o agua, las mujeres frecuentemente eran violadas.Cuando se descubría algún hombre que se había ocultado vestido de mujer eran degollados,así se dieron casos en algunos de estos convoyes.El cónsul USA en Kharput .,Leslie Davis advierte que no se trata de abandonar una ciudad para ir a otra , “es un viaje hacia la muerte”.Afirma haber visto personalmente “caravanas de personas andrajosas ,hambrientas , enfermas , después de 2 meses de caminar sin descanso y apenas sin comida”.Trata de organizar la ayuda a los refugiados e intenta interceder. Pero las autoridades no se lo permiten e intentan borrar las huellas de las masacres.Testigos oculares describen orgías de sangre con matanzas primero en la Anatolia Oriental y a partir del otoño de 1915 en la Occidental, similares a las realizadas por los nazis en la Rusia ocupada durante la segunda guerra mundial.El cónsul llama a la provincia de Kharput “ provincia matanza” ante estas masacres.Las autoridades prohíben que los misioneros acompañen a los convoyes, no quieren testigos, prohíben las fotos ( a pesar de lo cual hay numeroso testimonio gráfico), entorpecen y censuran la correspondencia de los representantes extranjeros.Por su parte algunos consiguen actuar en defensa de los armenios, así el cónsul de Estados Unidos en Trebisonda abre las puertas del consulado a los niños armenios;algunos miembros de los Jóvenes Turcos protestan por las deportaciones y matanzas , pero todos los funcionarios que se niegan a cumplir las ordenes son cesados; el oficial alemán Liman von Sanders , en contra de las consignas oficiales de no intervenir logra impedir la deportación de 25.000 armenios de Esmirna; algunos ciudadanos a su vez les ayudan, sobre todo los kurdos de la región de Dersin.Solo a partir de la muerte del embajador Falkenhayn en octubre de 1915 el gobierno alemán trata de distanciarse de estas masacres para evitar que en caso d e perder la guerra sean acusados de complicidad con los crímenes.Asi el nuevo embajador von Metternich intenta interceder pero en julio de 1916 constata que “el gobierno turco se niega a parar el exterminio del pueblo armenio”. En Alepo se concentran los convoyes y se establece una subdireccion de deportados . En los campamentos mueren a diario cientos de personas de hambre, enfermedad, agotamiento.Los 800.000 armenios que han logrado llegar al destino final se encuentran en el desierto sin agua ni comida. En algunos lugares del desierto son masacrados por miles,algunos quemados en las cuevas. En otros casos simplemente son abandonados en pleno desierto para dejarlos morir de hambre y sed.Acabada la guerra y tras la derrota turca los responsables del gobierno y de los Jóvenes Turcos son juzgados por el nuevo gobierno. Los principales acusados de las matanzas son condenados a muerte en rebeldía al haber huido antes del final.Posteriormente serian asesinados por grupos de armenios.