En 1907 se trasladó a Alemania, a estudiar en la Universidad Ludwig Maximiliam de Munich. Allí, bajo la dirección de Friedrich Hommel, escribió la tesis “El desarrollo de la metafísica en Persia”, que subtituló “Una contribución a la Historia de la filosofía musulmana”. En ella traza el desarrollo de la metafísica persa desde Zoroastro hasta el babismo.
Iqbal acusa a los persas de una cierta ligereza de pensamiento que les impide realizar un análisis en profundidad de la realidad que les permita ver su unicidad última. Zoroastro no logró reconciliar el monismo teológico con su dualismo filosófico. Dado que tanto el Bien como el Mal son inherentemente existentes, tenemos que concluir que si hay un solo Dios, éste tiene que tener una parte de Mal en sí. Mani acentuaría el dualismo de Zoroastro y llegaría a la conclusión de que el Universo va tan mal que debe ser obra del Diablo. Con la conquista árabe y la islamización de Persia, el pensamiento filosófico griego se introdujo en el país sobre todo la escuela neoplatónica. A continuación Iqbal considera cómo evolucionó la filosofía en Persia bajo el influjo del Islam y la filosofía griega. Para él, pasó de la objetividad a la subjetividad. Iqbal pasa revista a los pensadores que seguirían y termina desembocando en el sufismo que en un movimiento de síntesis aúna el pensamiento semita y el ario y toma el nirvana budista y lo enraiza en el Corán. El sufismo extraería además su fuerza de su concepción integral del ser humano. El precio a pagar sería que algunos de sus filósofos acabarían rozando el panteísmo, cuando no cayendo en él.
La tesis ofrece un recorrido sucinto y claro (algo que no se puede decir de muchas tesis escritas por filósofos) del desarrollo de la filosofía musulmana, poniéndola en relación con las influencias griegas que recibió y señalando aquellos puntos en los que los filósofos musulmanes anticiparon ideas de pensadores occidentales posteriores. No creo que haya muchos más filósofos musulmanes contemporáneos de Iqbal que hubieran sido capaces de escribir esta obra de síntesis y de poner en relación el pensamiento musulmán con el occidental.
En Alemania Iqbal descubrió a Goethe, del que dijo que, junto con Hegel, le había introducido en el “interior” de las cosas. Para él, Goethe es el igual de Ghalib, el gran poeta urdu y persa. En su entusiasmo por Goethe, Iqbal dirá: “Sólo cuando me di cuenta de la infinitud de la imaginación de Goethe, descubrí la estrechez de la mía.” De Goethe le interesa tanto el poeta como el sabio que ha comprendido el misterio del mundo y en este plano le equipara con el sufí Maulana Jalal al-Din Rumi, otra de las grandes influencias sobre su pensamiento y su poesía.
Otro pensador que descubrió en Alemania fue Nietzsche. La filosofía nietzshiana y el concepto del Superhombre interesaron a Iqbal, pero había demasiadas cosas en la concepción del mundo de Nietzsche que le separaban de la suya propia. Una observación que Iqbal hizo de Nietzsche y que ha sido muy repetida es que “su mente es descreída, pero su corazón es creyente”. Como creyente, Iqbal no podía compartir el ateísmo radical del filósofo alemán, sin embargo, como poeta, simpatizaba con el tono profético de Nietzsche. Piensa que la promesa profética de Nietzsche quedó incumplida a causa de la base intelectual de la que partió: Schopenhauer, Darwin y Lange, que le impidieron apreciar plenamente el significado de su visión profética. Si hubiera conocido el misticismo islámico, Nietzsche sin duda habría elaborado de otra manera su visión y habría podido ir más allá de la fase puramente negativa.
Para Iqbal es el rechazo de Dios la debilidad básica de Nietzsche: “En su embriaguez rompió todos los vidrios, se separó de Dios y al mismo tiempo del Yo.” Al haber abandonado el servicio y la obediencia a Dios, fuente del Ser, el Superhombre se condena a la ruina y al fracaso.
En 1908 Iqbal regresó a Lahore, donde dio clases de filosofía y de literatura inglesa, antes de dedicarse al ejercicio de la abogacía forzado por sus problemas económicos. Más tarde, decidiría que como abogado podía dirigirse mejor a sus compatriotas que como profesor, si bien nunca perdió completamente su interés por la enseñanza. Ingresó en el Anjuman-e-Himayat-e Islam, una asociación de intelectuales, literatos y políticos musulmanes, que buscaba reformar el Islam y promover el desarrollo de los musulmanes. En 1919 se convertiría en el secretario general de la asociación.