En una acto posterior en la Basílica de María Auxiliadora, según recoge Aciprensa, el Papa insistió en la misma idea, que, señala El Oriente, publicación editada por el Equipo de Comunicación de la Gran Logia de España, contribuirá a alimentar los sentimientos de odio hacia la Masonería: "esta región de Italia estaba llena de masones, comecuras, anticlericales y demoníacos".
La Masonería fue condenada en el siglo XVIII por una Iglesia que ya no existe, prosigue El Oriente:
La religión, elemento esencial de identidad para muchos seres humanos, puede fácilmente convertirse en un elemento de exclusión, de diferencia, de conflicto y muerte, como ocurre hoy, por ejemplo, en las persecuciones intolerables que padecen los cristianos en Siria. La Masonería moderna nació en la Europa del siglo XVIII, como un espacio de tolerancia en medio de la intolerancia.
Los dos siglos previos a la creación de la Gran Logia de Londres en 1717 estuvieron marcados por las guerras de religión entre católicos y protestantes que se cobraron, sólo en sus tres principales conflictos, entre seis y ocho millones de muertos. En aquel ambiente irrespirable y oscuro, la luz de la Masonería propuso dos cosas: conócete a ti mismo y ama al prójimo para construir una fraternidad universal.
Siguiendo al artículo de El Oriente, la Masonería del siglo XVIII, cuyos principios permanecen inviolables en el seno de las Grandes Logias y Grandes Orientes regulares de todo el mundo, se anticipó al ecumenismo y al diálogo interreligioso: todos los hombres, sin importar nuestra religión concreta, somos hermanos. Este gran eje de la Masonería regular era inaceptable para la Iglesia Católica del siglo XVIII, pero no debería serlo para la del siglo XXI.
Especialmente a partir de la segunda mitad del siglo XX, las diversas confesiones cristianas han dado pasos importantes para superar su mutua intolerancia. En 1960, el Papa Juan XXIII fundó el Secretariado para la Unión de los Cristianos y comenzaron a producirse los encuentros ecuménicos entre distintas confesiones.
En estos primeros contactos fueron especialmente relevantes el Arzobispo de Canterbury Geoffrey Fisher, Maestro Mason y Gran Capellán de la Gran Logia Unida de Inglaterra, y el Patriarca de Constantinopla Atenágoras I, también Maestro Masón.
El Diálogo Interreligioso fue impulsado a partir de 1964. En 2006, el Papa Benedicto XVI explicó el sentido profundo de estos encuentros entre personas de distintas religiones. Siguiendo cada uno "los caminos distintos que son propios de las diversas religiones" es posible "testimoniar unánimemente la paz" unidos por la idea de que "a nadie le es lícito asumir el motivo de la diferencia religiosa como presupuesto o pretexto de una actitud belicosa hacia otros seres humanos".
La tolerancia centenaria practicada por la Masonería en sus Logias, que le ha valido la persecución de las diversas manifestaciones políticas y religiosas de la intolerancia, es hoy felizmente explorada por las diversas religiones del mundo.