Entre los años 6000 y 1000 A.C. se comenzaron a formar las primeras comunidades proto-agrícolas en las zonas más fértiles de Mesoamérica. La domesticación de plantas nativas que recolectaban las antiguas bandas nómadas de recolectores se convirtieron después en tempranos experimentos de cultivo, que agregaron variedad a la dieta obtenida mediante la caza, la pezca y la recolección. La gran mayoría de los arqueólogos, concuerda en que las primeras especies cultivadas en Mesoamérica, debieron ser el amaranto, la calabaza y el frijol (Podemos agregar también el chile y el maíz, aunque estos se dieron en lugares específicos y se extendieron en etapas posteriores).
Fue, como en otros puntos del globo, la agricultura la que permitió los primeros asentamientos semi-fijos en la región y ésta permanencia, a su vez, posibilitó el desarrollo de nueva tecnología, la cual es la base de mucho de lo que conocemos de este periodo, debido, en gran parte, a la falta de un sistema de escritura o ideográfico que nos dejara algún vestigio de este periodo.
Es hacia el año 3000 a.C., que aparecen los primeros vestigios de cerámica, lo cual constituye un testimonio de los primeros asentamientos humanos permanentes, sin embargo, no es hasta 1500 a.C., que tenemos evidencia de un dominio del arte de la alfarería que provienen principalmente de la Costa Chiapaneca y Guatemalteca, la zona fértil de Tamaulipas, las tierras largas de Oaxaca y la costa del lago de Chalco, en el Altiplano Central. El descubrimiento de la agricultura, generó un aumento sustancial en la población mesoamericana, al grado tal, que del 3000 al 1200 a.C., la organización social ya se había diversificado lo suficiente como para hablar de dirigentes políticos y religiosos; devendría además, en la conformación de la primera gran cultura mesoamericana: Los Olmecas.