Nacida en Islington (Reino Unido), Emily Watson se formó como actriz en la prestigiosa escuela Drama Studio London, tras terminar sus estudios universitarios. Su carrera profesional comenzó en el teatro, con obras como The Children’s Hour de Lilian Hellmann, Tres hermanas de Chejov o La dama del mar de Ibsen, y en las filas de la Royal Shakespeare Company en montajes de La fierecilla domada y A buen fin no hay mal principio.
Fue su debut cinematográfico el que la consagró de la noche a la mañana: su interpretación del personaje de Bess McNeill en el polémico film de Lars von Trier Breaking the Waves (Rompiendo las olas, 1996) le valió los premios de los Círculos de Escritores de Los Ángeles, Londres y Nueva York, el premio de la Asociación Nacional de Críticos de Cine de EEUU y nominaciones al Oscar y Globo de Oro. Tan solo dos años más tarde volvería ser nominada para ambos galardones por su interpretación de la violonchelista Jacqueline du Pré en el film Hilary and Jackie.
A partir de ese momento, la deslumbrante carrera de Emily Watson le permite trabajar con algunos de los más destacados cineastas contemporáneos: Robert Altman en Gosford Park (2001), Paul Thomas Anderson en Punch Drunk Love (Embriagado de amor, 2002), Tim Burton en The Corpse Bride (La novia cadáver, 2005), John Hillcoat en The Proposition (La propuesta, 2005), Charlie Kaufman en Synecdoche, New York (2008), Alan Parker en Angela’s Ashes (Las cenizas de Ángela, 1999) -que le valió una nominación para los premios BAFTA-, Tim Robbins en Cradle Will Rock (Abajo el telón, 1999), Jim Sheridan en The Boxer (1997), Steven Spielberg en War Horse (2011) o Joe Wright en Anna Karenina(2011).
Entre sus otros trabajos para el cine están Red Dragon (El dragón rojo, 2002) de Brett Ratner, The Life and Death of Peter Sellers (Llámame Peter, 2004) de Stephen Hopkins -por la que fue nominada al Globo de Oro a la mejor actriz de reparto-, Miss Potter (2006) de Chris Noonan, Cold Souls (2009) de Sophie Barthes, Fireflies in the Garden (Luciérnagas en el jardín, 2008) de Dennis Lee, The Book Thief (La ladrona de libros, 2013) de Brian Percival, o The Theory of Everything (La teoría del todo, 2014) de James Marsh.
Emily Watson también ha participado en la serie televisiva Appropiate Adult (2011), por la que fue nominada al Globo de Oro y obtuvo el premio BAFTA a la mejor actriz. Sus créditos televisivos incluyen además The Politician’s Husband (2013), The Secret Life of Marilyn Monroe (2015) y A Song for Jenny(2015).
En 2002 regresó al teatro para encarnar sendos papeles en dos montajes dirigidos por Sam Mendes,Noche de epifanía de Shakespeare y El tío Vanya de Chejov; por esta última, Watson fue nominada para el Premio Olivier.
Entre los numerosos galardones y reconocimientos que ha obtenido a lo largo de su carrera se encuentran además el British Independent Film Award, por Hilary and Jackie, o el European Film Award por Breaking the Waves.
En 2015 fue nombrada Oficial de la Orden del Imperio Británico (OBE) por los servicios prestados al arte de la interpretación.