En el 2004 gana la Copa Sudamericana y en el año 2005 la gana de nuevo, junto con la Recopa y el torneo Apertura. En el 2006 gana la Recopa de nuevo y el torneo Clausura.
Fue cedido a préstamo al Internacional de Brasil a mediados del 2006 por no tener lugar en el club, sin embargo en este nuevo equipo pudo hacerse querer por parte de los hinchas y mostró un buen fútbol que lo llevó estar en la titularidad, ganó el Copa Mundial de Clubes pero no fue inicialista por venir recuperándose de una lesión, tiempo después ganó la Recopa Sudamericana.
A mediados del 2007 termina su préstamo y vuelve a Boca Juniors y alcanzó la fase semifinal de la Copa Libertadores de América con este club en el 2008. Ese año gana la Recopa Sudamericana y el Torneo Apertura con Boca Juniors.
El 17 de junio de 2009, la Unión Deportiva Almería anuncia el fichaje del jugador que llega con la carta de libertad. Para la temporada 2010 / 2011 luego de una fuerte lesion que lo margino del cierre de las eliminatorias a Sudafrica y el cirre de temporada con Almeria, se ha consolidado en el medio campo de su escuadra teniendo la confianza de Juan Manuel Lillio, y ahora su nuevo entrenador Jose Luis Oltra.1 En un partido contra el Barcelona en la temporada 2010 / 2011 en el cual encajaron 8 goles en contra, Fabián pidió las camisetas de sus jugadores rivales para realizar una subasta con motivo de ayuda para los damnificados por unas intensas lluvias en su pais Colombia y los jugadores culés encabezados por Lionel Messi se las brindaron sin ningun inconveniente, sin lugar a dudas eso fue un gesto de mucha humildad por parte de todos.2
A finales del mes de Agosto de 2011, se hizo oficial su traspaso al AEK Atenas Fútbol Club de la Super Liga de Grecia.