Finalizados los primeros estudios, viaja a Roma; disgustado por las imperantes malas costumbres, lo abandona todo y se retira entre las solitarias áreas rupestres de Subíaco y se entrega a la vida ermitaña «soli Deo placere cupiens» —como escribe su biógrafo San Gregorio Magno: deseando complacer solamente a Dios.
Atraídos por su santa vida, algunos monjes que moraban en los alrededores, le requieren con insistencia como su superior y maestro: Benito acepta, pero en cuanto trata de corregir su conducta, no muy ejemplar, atentan contra su vida con una copa envenenada que él rompe al bendecirla con el signo de la cruz.
Después de haber constituido doce pequeños monasterios, San Benito deja Subíaco y se dirige hacia el sur, acompañado por algunos discípulos. No se conocen las razones por las cuales selecciona el monte «en el cual Cassino está: en la costa» (Dante, XXII, 37), aún cuando puede pensarse en la generosidad de algún benefactor patricio.
Dotado de sentido práctico, Benito, en la zona del actual claustro de acceso, adapta el templo pagano a oratorio de su comunidad y utiliza los restantes edificios como habitaciones de monjes y peregrinos y también como áreas para las diferentes actividades de trabajo.
En la cima del monte, donde surgía un bosquecito pagano, es construido un pequeño oratorio en honor a San Juan Bautista, destinado para fines de camposanto. Aún hoy en día el venerado sitio del sepulcro de San Benito y de su hermana Santa Escolástica corresponde exactamente a la parte inferior Altar mayor, Basílica.
A la obra de la implantación monástica, San Benito une el anuncio del Evangelio entre los pobladores de la llanura de abajo. Esta misión está aún hoy día encomendada a la comunidad monástica, por lo cual la ciudad de Cassino y las veinte comunidades aledañas forman parte de la jurisdicción pastoral del abad de Monte Cassino.
En Monte Cassino, San Benito completa la implantación de su Regula monachorum, o Regla de los monjes; «pequeño compendio del Evangelio», como la definió Bossuet. Siempre en Monte Cassino, el gran Patriarca, cercano a los setenta años, cerrará su existencia terrenal. Apenas antes de su muerte, sintiendo flaquear sus fuerzas, se hará llevar al oratorio de San Martín y allí, con los brazos tendidos hacia el cielo, después de haber recibido el Cuerpo de Nuestro Señor. La fecha de su muerte ha sido fijada por la tradición en el día 21 de marzo del 547. Su fiesta se celebra el 11 de julio.