En 851 el sultán Abderramán intensificó la persecución contra los cristianos, haciéndoles la vida más difícil. Muchos cristianos enfrentaron las órdenes crueles y lo pagaron con sus vidas. Uno de ellos, entre los primeros, estuvo Isaac. Se presentó el santo ante los árabes, simulando querer aprender los fundamentos de la fe musulmana para convertirse. Los sabios le explicaron cada punto de su fe, que Isaac refutaba fácilmente. Finalmente llamó "falso profeta" a Mahoma, detallando las incongruencias de la fe islámica.
Los que le oían se enfadaron con Isaac y uno de ellos le abofeteó más de una vez, a lo que Isaac respondió con mansedumbre. Fue puesto en la cárcel y luego llevado ante el califa, quien mandó le atasen por los pies a una horca y le mantuvieran varios días con la cabeza hacia abajo, en espera de que se arrepintiese de su actitud y renegara de la fe cristiana. Su tormento público, además, debía servir para escarmiento de otros cristianos. Finalmente, el 3 de junio de 851, fue quemado vivo y sus cenizas esparcidas, para que los cristianos no pudieran venerar sus reliquias. Liego de su martirio, un monje de su monasterio tuvo una visión de un ángel que le revelaba: "Así como Abraham ofreció a su hijo Isaac en sacrificio, del mismo modo se ha ofrecido Isaac al Señor por sus hermanos".
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A 3 de junio además se celebra a:
San Liebhard,
ermitaño y abad.
Santa Oliva de Agnani,
virgen eremita.