Su economía principalmente era la agrícola y ganadera, dependiente de la villa de Madrid y bajo la jurisdicción del Reino de Toledo. Respecto a la justicia, dependía de la chancillería de Valladolid y de la zona eclesiástica del arzobispado de Toledo, dentro del arciprestazgo de Madrid.
Será en estos años cuando conozcamos los primeros datos conocidos sobre como se regía el pueblo de Fuenlabrada, mediante un concejo (actual Ayuntamiento) y que se representaba por dos alcaldes ordinarios (la máxima autoridad), tres regidores (reglamentaban la vida económica), un procurador síndico general (defendía derechos y privilegios municipales frente a la administración central), dos alcaldes de la Santa Hermandad (fundada por los Reyes Católicos cuya competencia será mantener el orden público), uno o dos escribanos y dos alguaciles.
A lo largo de este siglo, se conserva varios pleitos de la chancillería de Valladolid que dictó justicia en diferentes problemas por ejemplo daños en los campos comunes, invasión de las vías pecuarias o incautación de ganado.
Del año 1571 es el documento más antiguo conservado en el Archivo Municipal de Fuenlabrada sobre una pragmática tasando los precios del trigo, la harina y el pan cocido.
Pero sin duda, el documento por excelencia en la historia de Fuenlabrada llegará en 1575 bajo el reinado de Felipe II. Será este Rey cuando ordene la elaboración de las Relaciones Topográficas, siendo Fuenlabrada incluida en estas relaciones. Gracias a esta obra estadística, conocemos el origen de Fuenlabrada así como su economía, ermitas, caminos, comercios y otros datos de interés.
A finales del siglo, en el año 1592, se tiene constancia que Fuenlabrada tenía ya médico y cuyo salarios se reparte entre los vecinos, incluyendo viudas y pobres de solemnidad. Gracias a este reparto sabemos que el pueblo tenía aproximadamente 1.591 habitantes.
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