El término "Hontanar" se deriva de fontana que a su vez procede del latínfontana aqua, 'agua de fuente'.1 Según un documento del siglo XVI el nombre se debe a la existencia, en aquella época, de cuatro fuentes en el municipio.
Historia
Existe una gran profusión y dispersión de una necrópolis rupestre que puede tener como origen una posible cronología romana asociada a las estelas funerarias, continuando hasta etapas medievales, en forma de tumbas individualizadas excavadas sobre las masas y boos de granito y que se documentan a lo largo de toda la mitad norte del yacimiento.
Con Fernando III este territorio realengo pasa por compra al Ayuntamiento de toledo en 1246, con núcleos poblacionales como el de "Mala Moneda".
Asimismo en las propias Relaciones de Felipe II se cita la fundación de HOntanar hacia 1376, fruto posiblemente del despoblamiento de su anejo Malamoneda, citando aún en éste tanto vecinos, como una torre y un castillo prácticamente arrasado.
Es probable que su fundación tuviera lugar a mediados del siglo XIV tras la despoblación de Malamoneda por problemas de salubridad. Posiblemente Malamoneda se abandona por el paludismo.
Asimismo existen multitud de evidenicas inmuebles pertenecientes al desarrollo del despoblado (con presencia de una posible iglasia-ermita de Malamoneda desde 1526 o de Nuestra Señora de Gracia), que reutilizan elementos anteriores incorporados en sus parametros murales, así como tamibén multitud de restos arqueológicos de tipo mueblo dispersos por las parcelas descritas tanto en el objeto como en el área de protección.
También resulta citado en las descripciones de 1579 y 1587 con existencia de vecinos, siendo las últimas citas demográficas sobre este despoblado que aparece como labranzas durante el siglo XIX, o la casa de campo de Malamonedilla en 1930.
Perteneció a la antigua comunidad de los Montes de Toledo, disuelta en 1837.
A mediados del siglo XIX tenía 60 casas y el presupuesto municipal ascendía a 3.000 reales de los cuales 3.100 eran para pagar al secretario.