Se precisaron los medios que se utilizarían, para recaudar los tributos indígenas, además se señalaron las obligaciones tributarias existentes para las demás castas del virreinato.
Asimismo se formó la institución que administró los tributos recaudados.
El tributo consistió en la entrega de una parte de la producción personal o comunitaria al Estado, cuyo fundamento se sustentaba en un orden legal o jurídico. Fue trastocada la relación que existió en la época prehispánica en la que la entrega de bienes o fuerza de trabajo se sustentaba en los lazos de parentesco que fueron el fundamento de la reciprocidad. La nueva forma de tributación se organizó en base a las ordenanzas y los mandatos del rey, de acuerdo a tasas o regímenes establecidos.
La encomienda fue el instrumento fundamental de explotación de la mano de obra y producción nativa. Esta consistió en la entrega de indígenas en calidad de encomendados a un español, a cambio de que éste les convirtiera al cristianismo, es decir, los adoctrinara. Esta institución había existido en España a raíz de las Guerras de Reconquista en las que el rey otorgaba encomiendas de moros para que fueran cristianizados por los españoles. En el Perú, la encomienda abarcó el territorio que ocupaba el grupo o grupos étnicos que habían sido entregados al encomendero.
Habiendo sido la encomienda la primera institución a través de la cual se cobró el tributo a los indígenas, analizaremos como evolucionó en el transcurso de la colonia. Una de las fuentes de recursos financieros más importantes que tuvo el virreinato fue el tributo indígena. Cobrado primero por los encomenderos y luego, según disposiciones del virrey Toledo, por los corregidores. Éstos últimos tenían, además, la potestad de fijar las tasas del tributo y controlar los fondos guardados en las Cajas de la Comunidad (Cajas creadas en cada reducción o pueblo de indios).
El tributo debía ser pagado a los corregidores en junio (San Juan) y diciembre (Navidad), de acuerdo al monto en metálico y especies fijado por el corregidor. El curaca era quien recibía directamente el tributo y lo llevaba a la capital de su repartimiento. Cabe señalar que para el cobro del tributo existieron dos padrones, uno oficial y otro propio del corregidor. En este último no estaban libres de tributar los niños, ancianos y enfermos. Esta fue una fuente de fácil enriquecimiento para los corregidores quienes, además, como hemos señalado, podían tener acceso a los fondos de las Cajas de Comunidad y utilizando el dinero para sus negocios particulares. Incluso los virreyes echaron mano a dichas cajas cuando la corona les exigía los montos a remitir a España.
El quinto real era un tributo que obligaba a la entrega de la quinta parte de los tesoros de la conquista al rey de España. Más adelante todo mineral precioso extraído del territorio colonial, también debió ser entregado al monarca español. Los diezmos eran tributo pagado en favor de la Iglesia, comprendía el 10% de lo producido en un ejercicio. El rey los distribuía de la siguiente manera: 1/9 para el rey, 1/4 para el obispo, 1/4 para la catedral y el resto para el clero secular.
Algunos tributos mas eran:
1. Venta de Empleos y Títulos, que comenzó a tener importancia a fines del siglo XVI. Los empleos se cotizaban de acuerdo a la rentabilidad del cargo. Los títulos nobiliarios de Castilla comenzaron a venderse a partir del segundo tercio del siglo.
2. Averías, fueron gastos para la de defensa contra los piratas (Armada del Mar del Sur).
3. Alcabala, se aplicaba a toda clase de transacciones; quien pagaba era el vendedor porque obtenía dinero en efectivo.
4. Encomiendas y corregimientos vacantes, al no estar ocupados los ingresos provenientes de ellos pasaban al fisco.
5. Impuesto al vino, sobre el 2% de su valor.
6. Importación de esclavos, dos pesos por cada persona traída en dicha calidad.
7. Almojarifazgo, pago de aduanas. El único impuesto directo fue el tributo indígena y el de mayor rentabilidad.
Al correr de los años, el número de indios yanaconas exceptuados del pago del tributo fue creciendo, lo que motivó que las autoridades hicieran extensivo el pago de tributo éstos. A fines del siglo XVIII este tributo comenzó a ser cobrado a las castas (mestizos y mulatos). A parte de los impuestos mencionados, también existieron los arbitrios municipales. Éstos sirvieron para cubrir los gastos de las ciudades y los poblados. En cuanto a la administración Tributaria diremos que para depositar los tributos recaudados, se crearon Cajas Recaudadoras de diferente tipo. En las reducciones, existieron Cajas de Comunidades a cargo del corregidor y los curacas. Allí se depositaban los ingresos extraordinarios, luego de que los indígenas hubieran tributado.