Los nuevos condes de Pernía accedieron al señorío de la villa de Tielmes, ahora en la provincia de Madrid y entonces en la de Toledo, señorío adquirido en 1734 por Pelayo de Pernía Girón yCastillo por herencia de su tío, Pedro López del Castillo, apareciendo como tal señor de Tielmes y conde de Pernía en el Catastro del Marqués de la Ensenada de 1752. Pero en él aparece también el obispo de Palencia, que entonces sería Andrés de Bustamante (1750-1764), con señorío y jurisdicción sobre San Salvador y demás lugares indicados anteriormente, en su condición de conde de Pernía, en tanto que no aparece en ninguno de estos lugares derecho alguno asignado a los nuevos condes, lo que viene a corroborar que se trataba de dos títulos diferentes y que la familia Pernía no tuvo nunca atribuciones sobre el valle palentino. Aunque desde el punto de vista estrictamente jurisdiccional, los señoríos eclesiásticos ya habían sido incorporados a la Corona en 1805, los derechos señoriales fueron suprimidos por decreto de 6 de agosto de 1811, ratificado definitivamente el 30 de enero de 1837, de modo que los títulos nobiliarios que pudiesen estar ligados a ellos quedaron como meros títulos honoríficos. En épocas más recientes, los obispos de Palencia han seguido siendo considerados condes de Pernía; así lo expresa Unamuno en un artículo sobre Palencia escrito en 1921, cuando era obispo Ramón Barberá y Boada (1914-1924), y en 1934 en un boletín de Movimiento Nobiliario, preparado por el conde de los Acevedos, se da cuenta del nombramiento de Agustín Parrado García, obispo de Palencia y “conde de Pernía” (1924-1934), como arzobispo de Granada. Según parece, las disposiciones del Concilio Vaticano II obligaban a los eclesiásticos a renunciar a los títulos nobiliarios, con lo que puede suponerse que el título ligado a la dignidad de obispo de Palencia se ha extinguido. El título creado en 1718 ha sido reclamado en diversas ocasiones por personas que ya no llevan ningún apellido que recuerde a la Pernía. Se ha indicado alguna vez que la Gaceta de Madrid había publicado en 1924 la vacante del título de conde de Pernía, a la muerte de Ramón Barberá el 11 de septiembre de dicho año y que el vicario capitular Anacleto Orejón había expuesto y conseguido hacer valer los derechos de los obispos de Palencia; lo que publicó realmente la Gaceta de Madrid el 9 de mayo de dicho año fue la solicitud de Rafael de Mazarredo y Tamarit de rehabilitar el título de conde de Pernía de 1718 y la casi simultaneidad de esto con el fallecimiento del obispo Ramón Barberá sería lo que movió al vicario a hacer notar la existencia del título correspondiente a los obispos de Palencia, diferente del reclamado por Rafael de Mazarredo. Y la reivindicación debió ser efectiva, pues el sucesor de Ramón Barberá, Agustín Parrado, fue considerado conde de Pernía, como confirma el boletín de Movimiento Nobiliario citado anteriormente. El titulo de conde de Pernía de 1718 fue rehabilitado en 1950 por Manuel Cencillo de Pineda y a su fallecimiento en 1964 pasó a su hija María Cencillo y González Campo, viuda de Bartolomé March y Servera, que es quien lo lleva actualmente.
El señorío temporal de los obispos de Palencia en Pernía tiene su origen en las donaciones regias que recibieron aquéllos tras la restauración de la diócesis y sus términos en 1034 por Sancho III el Mayor de Navarra, confirmada por Bermudo III de León en 1035, por Fernando I de Castilla en 1059 y por sus sucesores en años posteriores, así como por bulas de los papas Urbano II (1095), Pascual II (1116), Honorio II (1125) e Inocencio II (1143).
Según estas disposiciones, los territorios de la Montaña Palentina comprendidos inicialmente en la diócesis restaurada comprendían los alfoces de Mudá con Redondo, Ordejón, Castrejón de la Peña y los enclaves de Guardo, Camporredondo y Alba. Mientras que el territorio al este de esta zona pertenecía a la diócesis de Burgos, los pueblos de la zona situada al oeste siguieron dependiendo del obispado de León; así pues, los únicos pueblos de la Pernía propia incluidos en la recién restaurada diócesis fueron los tres del valle de Redondo, San Juan, Santa María y San Martín. Los demás pueblos siguieron perteneciendo a la diócesis de León e incluso en 1037 se reafirma esta pertenencia cuando la condesa Elvira Favílaz pone a San Salvador bajo la dependencia directa de la catedral leonesa, al tiempo que dona a ésta un buen número de posesiones y lugares en Pernía, Liébana y Saldaña. En la primera de estas comarcas se cuentan Lebanza, El Campo, Caminos, Areños, Camasobres y Tremaya (?), además de Ruesga, mientras que de Liébana se incluyen Bárago, Cucayo, Pollayo, Valmeo (?), Toranzo, Bejo, Castro, Bedoya y Viñón (?), confirmándose estas donaciones en el testamento otorgado en 1069; los documentos relativos a estas disposiciones se conservan en el libro Tumbo de la Catedral de León. Elvira Favílaz estuvo casada con Munio Gómez, de los Beni Gómez de Saldaña, y en estos documentos afirma también ser la fundadora de la iglesia colegiata (“arcisterium”) de San Salvador. Barrio y Mier los hace protagonistas de la leyenda de la Peña Tremaya.
Las donaciones que recibieron los obispos de Palencia una vez restaurada la diócesis fueron las que incluían derechos temporales que darían lugar a la constitución del condado de Pernía ligado a la titularidad de aquella dignidad eclesiástica. La primera donación que recibió la nueva diócesis palentina fue la de Santa María de Lebanza, según documento otorgado por Alfonso VI en 1096, en tanto que en 1153 recibe Polentinos y la iglesia de San Salvador, según concesión deAlfonso VII el Emperador.
Sin embargo, la donación más importante es la que en 1181 concede Alfonso VIII a su tíoRaimundo, obispo de la diócesis en aquella época (1148-1184), como compensación por los derechos a los que había renunciado según el fuero otorgado a Palencia en 1180. Según el documento de donación, que se conserva, como los dos anteriores, en el Archivo de la Catedral de Palencia, los obispos adquieren heredades y derechos en varios lugares de Pernía y Liébana; en la primera recibe derechos sobre en San Salvador de Cantamuda, Lebanza, Areños, El Campo, Caminos, Casavegas y Vañes, mientras que en Liébana los recibe sobre Bárago y Soberado, Ranes (?), Valmeo, Viñón, Castro, Bedoya, Coveña y Frama.
La donación coincide casi exactamente con la efectuada a la Catedral de León por la condesaElvira Favílaz en 1037, excluyéndose de forma explícita en el documento de Alfonso VIII“las poblaciones de Camasobres y los barrios de Resoba (Ruesga?)” que figuraban en la donación de la condesa, habiendo además algunos de aquéllos que no se mencionan en el documento de 1181.
Estas donaciones a los prelados palentinos fueron confirmadas por el mismo Alfonso VIIIal obispo Arderico (1184-1207), por Alfonso X al obispo Fernando (1256-1265) y porAlfonso XI a Blas Fernández de Toledo (1343-1353). Además, los obispos habían obtenido también dominio sobre La Lastra, en tierras de Alba, y sobre Tresabuela, Salceda, Cotillos, San Mamés, Lombraña, Uznayo, Belmonte y Santa Eulalia, en Polaciones.
Los derechos adquiridos debieron ser de carácter dominical o solariego, pues se alcanzaban como compensación por los beneficios y rendimientos que había perdido el obispado con los nuevos fueros; los derechos jurisdiccionales, tales como la facultad de nombrar autoridades locales, serían otorgados probablemente cuando a los obispos les concedieron la dignidad condal.
Los dominios anteriores experimentaron algunas variaciones; así, en 1185 Areños pasó a depender de la Orden de Santiago, pero poco después el obispo Arderico adquiere de nuevo este lugar, permutándolo por los de Lombraña, Uznayo, Belmonte y Santa Eulalia, en Polaciones, aunque reservándose los derechos eclesiásticos sobre estos últimos; Polentinos, por su parte, pasó a depender directamente de Santa María de Lebanza en 1289.
Según el Libro Becerro de Behetrías, en 1352 los obispos de Palencia tenían derechos, totales o compartidos, sobre los pueblos de San Salvador de Cantamuda, (Areños), Casavegas, El Campo, Lebanza, Redondo, Lores, Vañes y La Lastra en Palencia, Tresabuela, Salceda, Cotillos y San Mamés en Polaciones y Bárago, Soberado, Ranes, Bedoya, Castro, Viñón y Valmeo en Liébana. Además, la Abadía de Lebanza tenía dominio sobre este pueblo, compartido con el obispo de Palencia, dominio pleno sobre Polentinos y derechos compartidos sobre Cabezón, Cahecho y Lerones, en Liébana.
En 1410 el obispo Sancho de Rojas (1403-1415), participa en la conquista de Antequera junto al infante Fernando, futuro rey de Aragón; al parecer, por este hecho fue concedido a los obispos de Palencia el título de condes de Pernía, confirmándose así sus derechos jurisdiccionales.
Sancho de Rojas fue personaje influyente en la Corte de Castilla, siendo emisario del infanteFernando ante las Cortes aragonesas; proclamado éste rey de Aragón, Sancho regresó a Castilla como consejero de la reina Catalina de Lancaster, madre de Juan II. Entre 1415 y 1420 fue arzobispo de Toledo y aun después de morir la reina y ser proclamado Juan II mayor de edad en 1419, Sancho de Rojas se mantuvo cerca de la Corte, de modo que también se supone que el título de conde de Pernía pudo ser otorgado por sus servicios a la Corona. De cualquier modo, ni Sancho de Rojas ni sus sucesores inmediatos utilizaron oficialmente el título; el primer obispo que lo hizo fue Gutierre de la Cueva (1461-1469), hermano de Beltrán de la Cueva, supuesto padre de la infanta Juana, frustrada heredera de Enrique IV, desplazada por Isabel la Católica. A partir de entonces los obispos de Palencia utilizan frecuentemente esta titulación en documentos oficiales, pudiéndose citar a Juan Rodríguez de Fonseca(1504-1514), Luis Cabeza de Vaca (1537-1550), Pedro de la Gasca (1551-1561), Juan Ramírez Zapata de Cárdenas (1570-1577), Juan del Molino Navarrete (1672-1685) oFrancisco Ochoa de Mendarosqueta (1717-1732).
El señorío de los obispos-condes experimentó todavía algunas variaciones durante los siglos siguientes y así, en 1544 se establece una concordia entre el obispo Luis Cabeza de Vaca y el duque del Infantado, Íñigo López de Mendoza, que de hecho significó compartir el señorío sobre los pueblos del condado de Pernía en Polaciones y Liébana. Los cambios en los derechos señoriales, generalmente en detrimento de las atribuciones de los obispos de Palencia, podrían deberse a la política de enajenación de señoríos eclesiásticos que siguieron Carlos I y Felipe II.
Según el Catastro del Marqués de la Ensenada, en 1752 el obispo de Palencia tenía jurisdicción plena sobre San Salvador, Areños, Casavegas y La Lastra; El Campo era de realengo, aunque el obispo percibía el yantar y el conde de Siruela la martiniega; la Abadía de Lebanza era de realengo, pero a su vez ejercía señorío sobre el pueblo, compartido con el conde de Siruela, mientras que Polentinos era jurisdicción plena de dicha Abadía; los demás pueblos de Pernía eran señorío del conde de Siruela, señorío que procedía de los derechos concedidos por los reyes castellanos a la familias De la Vega-Mendoza y Velasco. Como conde de Pernía, el obispo de Palencia tenía también en estas fechas señorío compartido con los duques del Infantado sobre Tresabuela, Salceda, Cotillos y San Mamés en Polaciones y sobre Bárago, Soberado y Castro, en Liébana.
Sin embargo, el 20 de enero de 1718, el emperador de Austria Carlos VI concedió a Luis de Pernía y Girón un título de conde de Pernía, pues el emperador, que como archiduque había disputado a Felipe V la corona de España en la Guerra de Sucesión, se negaba a reconocer a aquél como rey de España y seguía otorgando títulos nobiliarios. Tras la normalización de las relaciones entre España y Austria por el Tratado de Viena de 1725, se reconocieron aquellos títulos concedidos por el pretendiente austriaco y entre ellos, el de conde de Pernía, hecho que se ha interpretado alguna vez suponiendo que el título que en su día se concedió a los obispos de Palencia había pasado a atribuirse a un laico por haber demostrado éste tener mejores derechos que los prelados palentinos, o bien que los Pernía habían conseguido los derechos jurisdiccionales que tenían los obispos en la comarca palentina, quedando reducido el título de éstos a un mero atributo honorífico. Cualquiera de estas dos cosas, a las que se las pone fecha en 1739, parece difícil, pues no se entendería bien que un seglar pudiera aducir derechos sobre un título que estaba ligado a una dignidad eclesiástica.
La realidad es que se trata de dos títulos diferentes, cada uno con sus derechos y atribuciones: uno el concedido a los obispos de Palencia por Juan II en 1410 y otro el creado en 1718 paraLuis de Pernía y sus descendientes. Así se hace constar en tratados de Nobiliaria, en los que generalmente se considera a Gutierre de la Cueva como primer titular de la dignidad de nobleza concedida a los obispos de Palencia; también confirman esta duplicidad de títulos las vicisitudes por las que han pasado éstos posteriormente, como se expone aquí. Es de creer que el título de conde de Pernía fue concedido a Luis de Pernía por suponer que su familia descendía de este valle palentino. El apellido, efectivamente, se considera que es un apellido toponímico que procede de la Pernía palentina, de donde habría pasado a otras regiones y, por ejemplo, ya en 1461 un Luis de Pernía se distinguió en la defensa de Osuna contra los musulmanes granadinos.