A pesar de su carácter vinculante y del apremio de Roma por la fundación del Seminario, fue demorándose su institución. Ya en 1582 el Cardenal Quiroga alegaba la no necesidad de Seminario Conciliar al existir multitud de centros, más de veinticinco, en la dilatada Archidiócesis Toledana en los que se impartían las enseñanzas necesarias para la formación sacerdotal. Se estimó que estos centros cubrían en gran medida la necesidad. Sólo en la capital existían la Universidad de Santa Catalina, San Bernardino y el Colegio de Infantes.
Primeramente se pensó en situarlo en los terrenos del convento de Mercedarios que ahora ocupa la Diputación Provincial, pero hubo dificultades en la adquisición de ciertas casas adyacentes y se opto por elegir la parte sur de la Ciudad, frente a la ermita de Nuestra Sra. del Valle. El proyecto es de 1830 y está firmado por el Arquitecto Sr. Marichalar. El 1831 se comienzan las obras. Se echan los cimientos y se sigue construyendo hasta que acaece la muerte del Sr. Cardenal Inguanzo en 1836.
Las obras hubieron de interrumpirse. Las circunstancias socio-políticas del momento causaron los trastornos consiguientes; además, los fondos que se tenían reservados para la construcción hubieron de ser invertidos en otros asuntos, al parecer más urgentes. El edificio quedó sin terminar cuando estaba a punto de ser cubierto; se desmantelaron madera y otros materiales que fueron empleados en la fortificación del Alcázar y murallas de la ciudad. Sólo quedó el esqueleto del edificio, y en estado deplorable. A esta situación de precariedad se unió el cierre de diferentes centros de educación: Universidad de Almagro, Estudio de Santo Tomás, San Pedro Mártir…; la Universidad de Santa Catalina desaparecería definitivamente en 1845. Dificultades derivadas de 11 años de Sede Vacante hicieron que el fallecido cardenal Inguanzo no tuviera sucesor hasta 1847. El Cabildo Primado retomó el tema del seminario al no existir ya en Toledo ningún centro de estudios. Quedaban los restos de la edificación que comenzó el Cardenal Inguanzo, pero no estaban para ser habitados. Se solicitó San Pedro Mártir, pero fue el Convento de los Carmelitas el que se ofreció. En 1846 se da permiso para situar allí el Seminario: habría 113 alumnos y el edificio contaría con 90 habitaciones.
Cuando sólo habían pasado tres meses de su llegada a la Archidiócesis, en 1886, el Cardenal Payá y Rico dispone que se continúen las obras que quedaron interrumpidas en 1836. Él mismo – su escudo tallado en las artísticas puertas de entrada lo testifica-bendice e inaugura el edificio en que nos hallamos el 29 de septiembre de 1889. El Seminario ya dispuso de edificio propio. Progresivamente va subiendo el nivel cultural.
Continuará su andadura con el Cardenal Monescillo que se hace cargo de la Diócesis en 1892. Sin embargo la situación interna de la vida del seminario se va lentamente deteriorando.
Recién llegado el Cardenal Sancha (1897) se producen en el seminario ciertos altercados de orden disciplinar que terminan en un motín. Son expulsados todos los que toman parte en él y el Seminario se cierra temporalmente al tiempo que se hacen las gestiones pertinentes ante el sacerdote D. Manuel Domingo y Sol, hoy Beato Mosen Sol, que culminan en 1897, cuando los Operarios Diocesanos, a los que tanto debe nuestra Diócesis por su dedicación y desvelos durante cien años, se hacen cargo del Seminario.
Se instituye también el Colegio de San José en el antiguo Palacio de la Infanta el 1 de enero de 1899, evitando así que vivan externos los seminaristas pobres y puedan gozar de una formación adecuada. Más tarde, en 1916, el Cardenal Guisasola, que elegiría el Seminario como lugar de su entierro, traslada este Colegio al edificio del actual Seminario Menor, propiedad que fue adquirida al Conde de Cedillo y en la que tuvo su sede la Universidad de Santa Catalina en sus postrimerías. Es un edificio antiguo que ha sufrido diversas reparaciones y reformas. Se añadió otro pabellón para salón de estudios y dormitorio y se erigió en Seminario Menor, bajo la advocación de Santo Tomás de Villanueva, por el Cardenal Reig y Casanova en 1925.
El mismo Cardenal Reig encomienda en 1925 a las Religiosas Terciarias Franciscanas el servicio doméstico del Seminario.
En julio de 1936 quedó incautado el seminario y convertido en almacén de abastecimientos. El 29 de septiembre de 1936 un incendio destruyó totalmente la capilla, la biblioteca y la escalera principal. También el Seminario sufriría en sus personas: 5 superiores y 4 seminaristas morirían mártires aquel verano de 1936. El 26 de octubre de 1937 el Seminario abría de nuevo sus puertas. Se habían comenzado las obras de restauración.
El 23 de enero de 1950 se inaugura y consagra la capilla mayor del Seminario por el Cardenal Plá y Deniel, - encontramos su escudo y el del Papa Pío XII en las vidrieras del presbiterio-. El mismo Cardenal regaló el Sagrario. Ese mismo día, el Gobernador Civil prometió el monumento al Corazón de Jesús, que en 1952, patrocinado por Regiones Devastadas, se inauguraría en el centro del patio central. Sacerdotes y seminaristas donaron también con ocasión de la inauguración de la capilla la Custodia gótica, el pie de la lámpara del Santísimo y otros objetos litúrgicos. El mismo año de 1950, durante las vacaciones de verano, un grupo de seminaristas peregrinaron a Roma portando la imagen de la Virgen de Fátima, que había regalado el sacerdote Pablo Arias y que, bendecida por Pío XII, desde entonces preside uno de los pasillos de la casa.
Poco después, el 4 de noviembre del mismo 1982 el Santo Padre Juan Pablo II, con ocasión de su viaje a España y a Toledo, honró también al Seminario de Toledo al visitarlo, pasar unas horas de descanso tras la comida y orar en nuestra capilla de San Ildefonso donde nos pidió oraciones y nos bendijo. Nunca esta casa recibió mayor honor.
Fuente: http://www.architoledo.org/seminariomayor/elseminario/historia