Debido al aumento de la población, se amplió el inmueble original con naves laterales y capillas en el crucero. Debemos destacar las cinco cúpulas, la mayor de forma oval en el crucero, otras dos barrocas con relieves en los camarines y las más sencillas en las capillas laterales.
Fue enriquecida con un magnifico retablo barroco con lienzos de Carreño Miranda y un crucifijo de Montañés, todo desaparecido durante la Guerra Civil. Posteriormente se doto al templo con un retablo lateral de Germán López, el gran maestro de la imaginería barroca toledana del siglo XVIII y alguna talla de este mismo escultor como un San Benito.
También es preciso señalar un Cristo crucificado de la escuela madrileña del siglo XVIII, todo ello procedente de la iglesia de San Felipe Neri de Toledo. Del convento de las Comendadores de Santiago de Toledo procede el magnifico órgano barroco fechado en 1775, recientemente restaurado por la Junta de Comunidades de Castilla la Mancha y el Ayuntamiento de Navahermosa.
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