Nacida en Viena, el 5 de julio de 1554, era la quinta habida del matrimonio formado por el emperador Maximiliano II del Saro Imperio Romano-Germánico y de María de Austria y Portugal infanta de España. Durante su infancia, vivió con su hermana mayor, Ana, y su hermano menor, Matías, en un pabellón construido en los jardines del complejo del Palacio Imperial de Holburg en Viena. Fueron criados en la religión católica. Allí era visitada, a menudo, por su padre, ya que, al parecer, era su hija favorita. De piel blanca impecable, con su largo cabello rubio y un físico agraciado, era considerada una belleza. En cuanto al carácter, era recatada, piadosa y afectuosa, pero ingenua e intensamente inocente. La princesa pronto eclipsó a sus hermanos en sus estudios. Isabel quedó impresionada por su homónima, santa Isabel de Hungría, tomándola como modelo.
Alrededor de 1559, se sugirió un enlace entre Isabel y el duque de Orleans, que con el tiempo sería el rey Carlos IX de Francia. El mariscal de Vieilleville, al conocer a la princesa en 1562, de ocho años, siendo miembro de la delegación francesa enviada a Viena, exclamó: «¡Majestad, esta es la reina de Francia!». Vieilleville no estaba autorizado para iniciar unas negociaciones, pero el abuelo de Isabel, Fernando I del Sacro Imperio Romano-Germánico, parecía interesado y se iniciaron contactos. A pesar de lo cual, nadie se molestó en enseñar francés a la joven princesa. En 1569, al fracasar las negociaciones para casarla con los reyes Federico II de Dinamarca y Sebastián I de Portugal, empezó a considerarse, seriamente, la oferta francesa. Catalina de Médici, madre de Carlos, y la corona francesa, preferían a la hermana mayor de Isabel, Ana, pero, sin embargo, esta ya había sido elegida como la nueva esposa de su tío, el rey Felipe II de España
Isabel se casó por poderes el 22 de octubre de 1570, en la catedral de Espira, representando a Carlos IX, su tío, el archiduque Fernando de Austria. Tras largas celebraciones, salió de Austria, el 4 de noviembre, acompañada de dignatarios alemanes de alto rango: a causa del mal tiempo, a su llegada a Francia, se tomó la decisión de celebrar la boda oficial en la pequeña ciudad fronteriza de Mézières, en Champaña. Antes de llegar a su destino, Isabel se quedó en Sedán, donde fue saludada por los dos hermanos menores de su esposo, Enrique, duque de Anjou, y Francisco, duque de Alençon. Carlosno pudo resistir la ansiedad por conocer a su esposa, por lo que se vistió como soldado y fue a Sedán, donde se mezcló entre la multitud para observarla. Carlos IX quedó encantado al verla.
El 26 de noviembre de 1570, se celebraría la ceremonia, que estaba interesada en reforzar una posible alianza Valois-Habsburgo. Dicha ceremonia se celebró con gran pompa, a pesar del precario estado de las finanzas francesas. A consecuencia del difícil viaje y al frío, a principios de 1571 Isabel cayó enferma, lo que retrasó, hasta la primavera, la alianza germano-francesa, que tuvo lugar en Paris con magníficas fiestas. El 25 de marzo de 1571, Isabel fue consagrada como reina de Francia por el arzobispo de Reims en la basílica de Saint-Denis. La nueva reina entraría oficialmente en París cuatro días después, el 29 de marzo para, posteriormente, desaparecer de la vida pública.
Isabel estaba tan encantada con su marido, pero éste ya tenía una amante, Marie Touchet, quien dijo: «La chica alemana no me asusta». Tras unos días felices con su joven esposa, Carlos IX pronto regresó a brazos de su amante, con quien tuvo un hijo bastardo llamado Carlos de Valois-Angulema. A pesar de los amoríos fuera del matrimonio, la pareja tuvo una buena relación. Carlos se dio cuenta de que las costumbres liberales de la corte francesa podrían conmocionar a Isabel y, junto a su madre, hicieron un esfuerzo por protegerla de sus excesos. A pesar de lo cual, Isabel, se sentía sola en la animada y disoluta corte francesa. Una de sus pocas amigas era su cuñada, Margarita de Valois, que no era conocida por su virtud. Isabel dedicó parte de su tiempo al bordado, la lectura y a las obras caritativas; continuó asistiendo a misa dos veces al día y se horrorizaba por el poco respeto que los cortesanos, supuestamente católicos, mostraban a la religión. Su único acto controvertido, consistió en rechazar las atenciones de los cortesanos y políticos protestantes, al negarle a Gaspar de Coligny, el permiso de besarle la mano cuando rindió homenaje a la familia real.
A pesar de su fuerte oposición al protestantismo en Francia, se horrorizó cuando recibió noticias de la masacre del día de San Bartolomé, que dio comienzo el 24 de agosto de 1572, y que continuó durante varios días. Miles de protestantes franceses fueron asesinados en París. Isabel, al enterarse, a la mañana siguiente, de lo ocurrido por un miembro de su séquito, preguntó si su esposo lo sabía. Cuando le dijeron que no solo lo sabía, sino que fue su iniciador, pidió su libro de horas y comenzó a rezar. Recibió peticiones para interceder por los inocentes y obtuvo la promesa de salvar la vida de los protestantes extranjeros.
El 27 de octubre de 1572, dio a luz a su primera y única hija, en el palacio del Louvre. La niña fue bautizada como María Isabel en honor a su abuela, la emperatriz María, y a la reina Isabel I de Inglaterra, que eran sus madrinas. Al nacer Isabel, la salud de su padre se iba deteriorando rápidamente, y después de mucho sufrimiento, en el que Isabel siempre estuvo a su lado, Carlos IX murió el 30 de mayo de 1574. Tras completarse el período de luto, Isabel, entonces llamada la Reine Blanche (la Reina Blanca), ya que, seguía la costumbre de la corte francesa, según la cual, la viuda del difunto rey de Francia usaba ropa blanca después del período de luto inicial, fue obligada por su padre a regresar a Viena. El emperador Maximiliano II le propuso un nuevo matrimonio, con el hermano y sucesor de su difunto esposo, el rey Enrique III de Francia, a lo que ambos se negaron. Enrique, el 21 de noviembre de 1575, le dio el condado de La Marche como dote. Recibió, también, el título de duquesa de Berry, y en 1577 obtuvo a cambio los ducados de Auvernia y Borbón. El 28 de agosto de 1575, visitó a su hija de casi tres años en Amboise por última vez, y el 5 de diciembre dejó París.
Al principio de su regreso a Viena, vivió en Stalburg, la residencia de su infancia. El 12 de octubre de 1576, su padre Maximiliano II murió, y su hermano, Rodolfo II, lo sucedió como emperador. Pero no acaban aquí sus penas, el 2 de abril de 1578, muere su hija, de cinco años y medio. De nuevo recibe una propuesta de matrimonio, esta vez del rey Felipe II de España, tras morir su esposa Ana en 1580, a lo que ella se negó nuevamente, diciendo la frase que se había hecho famosa: "Las reinas de Francia no se vuelven a casar".
En Francia, su antiguo tutor, administró sus propiedades, aunque nunca recibió ingresos de sus dominios. A principios de 1580, Isabel compró algunas tierras cerca de Stalburg y fundó el convento de las Clarisas María, Reina de los Ángeles, también conocido como el Monasterio de la Reina. Dedicó su vida a seguir el ejemplo del santo patrón de su convento, la piedad, el alivio de los pobres y el cuidado de la salud. También financió la restauración de la capilla de Todos los Santos en Hradčany Praga, que había sido destruida en un incendio en 1541.
Isabel murió el 22 de enero de 1592, víctima de pleuresía, y enterrada bajo una simple losa de mármol en la iglesia de su convento. Con motivo de las reformas joseinistas, en 1782, el monasterio de la reina se cerró para crear la Iglesia de la Ciudad Luterana. Por orden del emperador José II, los restos de Isabel fueron trasladados a una de las criptas de la catedral de San Esteban, en Viena.
Ramón Martín