Nacido en Vitoria el 30 de mayo de 1880, en el seno de una familia con una larga tradición militar. Por lo que con dieciséis años ingresó en la Academia de Infantería, de donde pasó a la Escuela Superior de Guerra, convirtiéndose en capitán del Estado Mayor del Ejército, con fecha 27 de febrero de 1905; tras lo cual estudió Derecho, estudios que culminó años más tarde. En agosto de 1909, después de una etapa en el Estado Mayor Central del Ejército, fue destinado al Cuartel General del ejército en Melilla. Allí participó en diversas operaciones militares, siendo ascendido a comandante de Estado Mayor por mérito de guerra el 4 de mayo de 1910. En esta época fue condecorado con la Cruz de Primera Clase de Mérito Militar con distintivo rojo y la Cruz de Primera Clase de María Cristina.
Al ser creada en junio de 1910, la Capitanía General de Melilla, fue destinado a ella. Durante quince años de permanencia, participó en diversas campañas, cosechando diversos reconocimientos militares, como la Cruz de Segunda Clase del Mérito Militar con distintivo rojo por su comportamiento en la ocupación de Monte Arruit en 1912, o las medallas de Melilla y de África. Siguió acumulando méritos y el 6 de abril de 1916 fuera nombrado teniente coronel de Estado Mayor, desempeñando el cargo de segundo jefe del Estado Mayor del ejército en África, hasta pasar a responsabilizarse de la Secretaría del Gabinete Militar del Alto Comisario de España en Marruecos en enero de 1917. Desde agosto de ese mismo año, ejerció como ayudante de campo del general en jefe Francisco Gómez Jordana, convirtiéndose en febrero de 1918 en ayudante de campo del general Francisco Fernández Llano, segundo jefe del Estado Mayor Central del Ejército, trasladándose así a Madrid.
No fue sólo un militar de éxito, ya que una vez establecido en Madrid, a partir de 1919, inició su participación en la vida política. Fue diputado en el Congreso en los últimos años del reinado de ALFONSO XIII, tras ser elegido, como candidato conservador por Cuenca, vinculado al grupo del líder conservador ANTONIO MAURA. Estos mantuvieron en Cuenca una fuerza considerable hasta la ruptura de 1923.
Durante esos cuatro años, estuvo en situación de disponible en cuanto a su condición militar, terminó sus estudios de derecho y empezó a ejercer la abogacía, participando en los grandes debates de la política nacional. En una conferencia impartida en el Centro de las Juventudes Mauristas de Madrid el 24 de febrero de 1923, justificó como necesaria la acción española, para controlar los puntos estratégicos de las rutas comerciales. Pensaba que España estaba condenada a verse envuelta en problemas con potencias externas, debido a su situación geográfica. Según Fanjul, el problema era debido a que los gobiernos españoles no se habían tomado en serio la constitución de un protectorado, limitándose a apoyar la destrucción de las instituciones de la zona, no poniendo nada en su lugar.
A su juicio, lo que demostraba Annual, es que había un problema político no resuelto desde 1898, al no haberse exigido responsabilidades políticas por el “desastre colonial”. Fruto del cual, la política militar, solo consistía en evitar bajas, una política cobarde cuyos responsables no eran los mandos castrenses sino los políticos. En su opinión, liberales y conservadores acabarían pactando una política de “impunidades”que impediría la regeneración nacional, Fanjul consideraba que el pueblo demandaba responsabilidades políticas, pero que estas sólo llegarían por vía revolucionaria, un gran movimiento encabezado por el REY, el ejército y MAURA. Esa revolución no llegaría, en su lugar se produciría un pronunciamiento militar que acabaría con la legalidad constitucional y daría paso a más de seis años de dictadura militar.
En esas nuevas circunstancias, Fanjul se reincorporó a la vida militar, promocionando, en mayo del año siguiente, a coronel del Cuerpo de Estado Mayor, y pocos meses después volvió a ser destinado al ejército de África y entre 1924 y 1926, fue responsable de algunas operaciones militares en la zona. Estuvo presente, en otoño de 1924, en la liberación de Xauen y en la ocupación de diversos puestos durante el invierno de ese año. A lo largo del año 1925 mandó diversas operaciones para agrandar el territorio controlado por las tropas españolas. Durante el desembarco de Alhucemas actuó como director de los servicios de retaguardia, pasando a ocupar desde finales de septiembre de 1925 la jefatura del estado Mayor de la Comandancia General de Ceuta. Esta nueva etapa africanista culminó en el ascenso a general de brigada en febrero de 1926.
En los últimos años de la dictadura se hizo cargo del Gobierno Militar de Cartagena, en 1927, y, en 1928, de tareas relacionadas con la industria militar. El 12 de abril de 1931, al proclamarse la Segunda República, se ocupaba de la Dirección General de Preparación de Campaña. Pero con la llegada de la República, revivió su interés por la política. En un momento difícil para las derechas, se presentó a las elecciones constituyentes del 28 de junio de 1931, bajo la etiqueta de agrario independiente, por la circunscripción de Cuenca, logrando el acta de diputado. Constituidas las nuevas Cortes, se unió a la minoría agraria, un grupo muy heterogéneo, formado por antiguos diputados liberales y conservadores de antes de 1923, como por representantes del nuevo catolicismo posibilista que, al poco tiempo, pasaría a liderar JOSÉ MARÍA GIL-ROBLES, monárquicos alfonsinos como Pedro Sainz Rodríguez o incluso integrantes del tradicionalismo carlista como José María Lamamié de Clairac. Presidía esta minoría José Martínez de Velasco, actuando como oposición de los partidos, en los que poco a poco fue cobrando más fuerza una entente entre las izquierdas republicanas y los socialistas.
Tras el fracasado intento de golpe de Estado de agosto de 1932, se hizo cargo de la defensa del teniente general Cavalcanti en el proceso en el Tribunal Supremo contra éste y otros militares implicados en la “sanjurjada”. A primeros de septiembre de 1933 el gobierno presidido por MANUEL AZAÑA, llegó a su fin. El intento de conseguir la confianza de la Cámara por un gabinete presidido por ALEJANDRO LERROUX, fracasó el 3 de octubre, y el Presidente de la República disolvió las Cortes, convocando elecciones para el 19 de noviembre. Fanjul decidió revalidar su acta por Cuenca, presentándose como independiente dentro de la candidatura de unidad conservadora. En esta ocasión consiguió el primer puesto de las mayorías, superando en cuatro puntos porcentuales al segundo, el conservador Modesto Gosálvez.
Sin embargo, el 25 de enero de 1934, al poco de echar a andar las nuevas Cortes, Fanjul anunció su renuncia, debido a la discrepancia con sus compañeros de grupo en la cuestión del régimen, ya que la minoría agraria hizo pública una nota manifestando su voluntad de “aceptar el régimen legalmente constituido como expresión de la voluntad nacional” y, aunque sostenía la necesidad de revisar algunos preceptos de la Constitución, se mostraba favorable “a prestar su leal colaboración a los Gobiernos de la República que coincidan con sus postulados esenciales, e incluso gobernar si las necesidades nacionales lo exigieran”. Fanjul que disentía de ese criterio, podía continuar.
Habiendo causado baja como diputado, desempeñó, entre agosto de 1934 y abril de 1935, la jefatura del Estado Mayor de la Segunda Inspección General del Ejército, y a continuación, tras la llegada al ministerio de la Guerra del líder de la CEDA, JOSÉ MARÍA GIL-ROBLES, éste contó con Fanjul para subsecretario del ministerio. Desde allí acompañó al jefe cedista en su propósito de rectificar la reforma militar de AZAÑA, y la infiltración de las ideas de izquierdas entre la tropa. Entró en contacto con la Unión Militar Española (UME), fundada para defender los intereses corporativos, aunque no logró sumar a más del diez por ciento de los oficiales, pero que acabaría siendo la plataforma para atraer a los partidarios de la conspiración en 1936. Su puesto como subsecretario del departamento de Guerra no supuso la paralización de su actividad política.
Dimitido el gobierno que presidía el independiente JOAQUÍN CHAPAPRIETA, el Presidente de la República, se negó a confiar la formación de uno nuevo a GIL-ROBLES, entonces jefe de la minoría parlamentaria más numerosa. Fanjul se puso a disposición del todavía ministro de la Guerra para impedir lo que consideraban un golpe de Estado de ALCALÁ-ZAMORA, asegurándole el apoyo de las tropas de Madrid. Nada de eso ocurrió, al no resultar fructíferas las consultas con otros mandos; al parecer, el mismo GENERAL FRANCO se negó a una acción que, sin apoyos suficiente, convirtiera al ejército en árbitro de la política nacional.
Pocos días después, ALCALÁ-ZAMORA entregó el decreto de convocatoria de elecciones al nuevo presidente del gobierno, MANUEL PORTELA VALLADARES, que se celebraron el 16 de febrero, tras dos años de gobiernos de centro-derecha y del fracaso de la revolución de octubre de 1934. Fanjul decidió presentarse de nuevo, aunque PORTELA, habría intentado apartarle para facilitar la candidatura de Álvarez Mendizábal, siendo trasladado a la Comandancia militar de Canarias en enero de 1936. Pese a todo decidió presentarse ya que no podía negarse al requerimiento de formar parte de un “Frente nacional para salvar a España”. Se integró como independiente de la lista conservadora que en Cuenca y consiguió derrotar tanto a los candidatos del gobierno como a los del Frente Popular, quedando tercero por detrás del líder monárquico Antonio Goicoechea y del cedista Manuel Casanova.
Tres días después de las votaciones PORTELA presentó su renuncia, y el 19 de febrero. todavía en pleno recuento, se formó un nuevo gabinete presidido por AZAÑA, que rápidamente se dispuso a modificar la composición del alto mando militar. El GENERAL FRANCO fue destituido como jefe del Estado Mayor y enviado a Canarias como comandante militar, por lo que, Fanjul fue destituido quedando en Madrid como disponible forzoso. Presentó sus credenciales de diputado, pero la mayoría formada por los diputados del Frente Popular decidió anular las elecciones en la provincia de Cuenca, alegando que se habían producido amaños, así Fanjul perdió el acta.
Su nombre había aparecido entre los militares que, durante las jornadas de recuento, entre el 16 y el 19 de febrero, presionaron al presidente del Consejo para que se declarara el estado de guerra, ya que se mostraba alarmado por lo que consideraba una revuelta violenta para alterar los resultados electorales. La iniciativa, aceptada por PORTELA, chocó con la negativa del presidente de la Republica. Entonces, Fanjul y el general Rodríguez Barrio presionaron a FRANCO para que realizara un acto de fuerza. A lo que éste se negó tras comprobar que no contaban con respaldo suficiente.
De lo que no cabe duda, es que Fanjul estuvo implicado en las conspiraciones posteriores. Esa actividad se inició al poco de formarse el nuevo gobierno de AZAÑA. La primera reunión importante tuvo lugar el 8 de marzo en Madrid, a la que acudieron altos mandos del ejército (MOLA, FRANCO, Rodríguez del Barrio, Varela, Orgaz, Villegas, Ponte, Saliquet y Kindelan. Se produjo en un momento de creciente animadversión contra el gobierno de Izquierda Republicana, al que estos identificaban como un títere de izquierdas obreras. Aunque hay varias versiones de esa reunión, parece que durante la misma se eligió una junta directora de la que formó parte Fanjul.
Éste residía por entonces en Madrid y desde la capital desempeñó un importante papel entre los generales dispuestos a apoyar un movimiento militar, que sería comandado, inicialmente, por el general Sanjurjo, que vivía en Estoril desde abril de 1934. Debido a las diferencias en cuanto, en qué momento y en qué condiciones políticas se produciría, aún no habían madurado las opiniones favorables al golpe entre algunos oficiales, por lo que su actividad conspirativa durante marzo y abril fue escasa. Una primera acción, prevista para la tercera semana de abril, en la que Fanjul sublevaría la plaza de Burgos, no se llevó a cabo, suspendida en el último momento por el general Rodríguez del Barrio. A partir de ese momento toma la dirección el GENERAL MOLA, que entonces era el gobernador militar de Navarra, intensificándose la actividad conspirativa. Fue en ese momento cuando, Fanjul junto con el general Villegas, cobran un mayor protagonismo en la trama en Madrid, si bien el propio Sanjurjo no tenía mucha confianza en el liderazgo de estos últimos.
Finalmente, el golpe de Estado se inició el 17 de julio, con éxito en varias provincias, no así en zonas de capital importancia como Madrid o Barcelona, donde la sublevación fue derrotada. Por su parte el general Fanjul protagonizó el levantamiento militar en Madrid. El 19 de julio se presentó en el Cuartel de la Montaña, donde ya se encontraban concentradas fuerzas contrarias al gobierno y donde se custodiaban varios miles de cerrojos, necesarios para otros tantos fusiles depositados en otros puntos de la capital. Allí una vez hecho con el mando, preparó el bando con el que pensaba declarar el estado de guerra en Madrid. Pero, pronto se vieron rodeados y el cuartel quedó asediado por milicianos y fuerzas leales al Gobierno de la República. Las tropas de apoyo del Campamento de Carabanchel no llegaron, lo que se tradujo en la derrota y la rendición en la mañana del día 20. Más de un centenar de los sublevados murieron allí mismo, y Fanjul fue detenido.
A mediados de agosto fue sometido a un Consejo de Guerra, proceso que alcanzó notable difusión en la prensa republicana. Fanjul se defendió a sí mismo, aunque no aguantó la presión e incurrió en varias contradicciones. Fue condenado a muerte y fusilado a primera hora del día 17 de agosto de 1936 en el patio de la cárcel Modelo.