...Obscurecióse el día con la polvareda y vapor de los que peleaban que parecía noche: Las Cabilas de voluntarios Alárabes, Algazaces y ballesteros acudieron con admirable constancia, y rodearon con su muchedumbre a los Cristianos y los envolvieron por todas partes. Senanid con sus Andaluces, Zanetes, Musamudes, Gomares y otros se adelantó al collado donde estaba Alfonso, y allí venció, rompió y deshizo sus tropas infinitas, que eran más de trescientos mil entre caballería y peones.
Allí fue muy sangrienta la pelea para los Cristianos, y en ellos hicieron horrible matanza. Había entre ellos diez mil caballeros de los armados de hierro como los primeros que habían acometido, que la flor de la caballería de Alfonso, y habían hecho su azala Cristianesca y jurado por sus cruces que no huiría de la pelea hasta que no quedase hombre a vida, y Dios quiso cumplir y verificar su promesa en favor de los suyos.
Entonces volvieron brida y tornaron sobre sus pasos, y huyeron desordenadamente hacia sus tierras y donde podían.Entraron por fuerza en la fortaleza los vencedores quemando sus puertas y matando á los que las defendían; apoderándose de cuanto allí había, y en campo de armas, riquezas, mantenimientos, provisiones, caballos y ganado, cautivaron muchas mujeres y niños, y mataron muchos enemigos que no se pudieron contar, pues su número cabal sólo Dios que los crió lo sabe. Halláronse en Alarca veinte mil cautivos, á los cuales dio libertad Amir Amuminin después de tenerlos en su poder, cosa que desagradó a los almohades y a los otros muslimes, y lo tuvieron todos por una de las extravagancias caballerescas de los Reyes.5
—De Historia de la Dominación de los Árabes en España, sacada de varios manuscritos y memorias Arábigas
Los cristianos disponían de dos regimientos de caballería: en primera línea estaba la caballería pesada (de unos 10.000 hombres) al mando de Don Diego López de Haro y sus tropas, seguida después de la segunda línea, donde se encontraba el propio Alfonso VIII con su caballería e infantería.
Por parte de las tropas almohades, en vanguardia se hallaban la milicia de voluntarios benimerines, alárabes, algazaces y ballesteros, que eran unidades básicas y muy maniobrables. Inmediatamente tras ellos estaban Abu Yahya ibn Abi Hafs (Abu Yahya) y los Henteta, la tropa de élite almohade. En los flancos, su caballería ligera equipada con arco y en la retaguardia el propio Al-Mansur con su guardia personal.
Ya'qub siguió los consejos del qā'id andalusí Abū 'abd Allāh ibn Sanadí y dividió su numeroso ejército, dejando que el ğund andaluz (soldados de las provincias militarizadas) y los cuerpos de voluntarios del ğihād sufrieran la embestida del ejército cristiano y que más adelante, aprovechando la superioridad aplastante del ejército almohade, el agotamiento y bochorno del ejército cristiano, atacaría con las tropas de refresco que mantenía en reserva, la guardia negra y los almohades.6
El califa le dio a su visir, Abu Yahya Ibn Abi Hafs, el mando de la poderosa vanguardia: en la primera línea de los voluntarios benimerín. A Abu Jalil Mahyu ibn Abi Bakr, con un gran cuerpo de arqueros y las cabilas zeneta; detrás de ellos, en la colina antes mencionada, Abu Yahya con el estandarte del califa y su guardia personal, de las cabilas Henteta; a la izquierda los árabes a las órdenes de Yarmun ibn Riyah, y a la derecha, las fuerzas de al-Ándalus mandadas por el popular qā'id ibn Sanadid. El propio califa llevaba el mando de la retaguardia, que comprende las mejores fuerzas almohades (las comandadas por Yabir Ibn Yusuf, Abdel Qawi, Tayliyun, Mohammed ibn Munqafad y Abu Jazir Yajluf al Awrabi) y la fuerte guardia negra de los esclavos. Se trata de un formidable ejército, cuyos efectivos el rey Alfonso VIII había subestimado gravemente.
La carga cristiana no se hizo esperar, fue un tanto desordenada pero su impulso fue formidable. La primera carga fue rechazada por los zenetas y los benimerín, retrocedieron y volvieron a cargar para volver a ser rechazados. Sólo a la tercera carga consiguió la caballería cristiana romper la formación del centro de lavanguardia almohade, haciéndolos retroceder colina arriba, donde habían formado antes de la batalla, y causando numerosas bajas entre los benimerín (voluntarios), zenetas (que trataron de proteger al visir, Abu Yahya) y la élite Henteta donde se encontraba el visir, que cayó en combate. A pesar de la muerte del visir, el ejército almohade no vaciló y prosiguió con el ataque. La caballería cristiana maniobró hacia la izquierda para enfrentarse con las tropas de al-Ándalus al mando de ibn Sanadid.
Tres horas habían pasado ya desde el comienzo de la batalla, siendo en ese momento mediodía. El calor y la fatiga comenzaron a afectar a la caballería cristiana. Aun tras sufrir numerosas bajas, los musulmanes no tardaron en reagruparse, cerrando la salida a la caballería enemiga. Estos, haciendo uso de su caballería ligera al mando de Yarmun, rebasaron a las tropas cristianas por los flancos y fueron atacados por la retaguardia, lo que, junto a la labor de los arqueros y a las maniobras de desgaste, acabó por cerrar el cerco.
Fue entonces cuando Ya'qub decidió enviar el resto de sus tropas. El ejército castellano no estaba preparado para aquella nueva táctica y finalmente se vio en la necesidad de huir, sufriendo así una tremenda derrota. Diego López de Haro, por su parte, trató de abrirse paso a toda costa, teniendo finalmente que refugiarse en el inacabado castillo, que tras haber sido cercado por 5.000 hombres, tuvo que rendir.
En cuanto a Pedro Fernández "el Castellano", cuyas fuerzas apenas combatieron durante la batalla, fue enviado por el califa para negociar la rendición. A los pocos supervivientes, entre ellos López de Haro, se les permitió marchar y se retuvieron 12 caballeros como rehenes para el pago del rescate.7 Entre los castellanos que murieron en la batalla se encontraban los obispos de Ávila, Segovia y Sigüenza, Ordoño García de Roda,Pedro Ruiz de Guzmán y Rodrigo Sánchez; así como los Maestres tanto de la Orden de Santiago, Sancho Fernández de Lemus, como de la portuguesa Orden de Évora, Gonçalo Viegas. Las pérdidas también resultaron elevadas para los musulmanes. No sólo el visir, Abu Yahya, sino también Abi Bakr, comandante de los benimerín (voluntarios), perecieron en la batalla o como consecuencia de las heridas sufridas.
Vicente Silió escribe que «las tropas de Yasub eran tan superiores como para inducir al monarca cristiano a rehusar la pelea», pero se hallaba Alfonso VIII en la plenitud de su vida, con el vigor de sus cuarenta años y no pensó en ningún instante retroceder ante el enemigo. Prefería morir antes que contemplar la gran catástrofe que se avecinaba. Y a fe que si no hubiese sido por la intervención de algunos nobles que, muy en contra de su voluntad, le sacaron del campo de batalla, hubiera sucumbido.
Consecuencias de la batalla
Como consecuencia, los almohades se adueñaron de las tierras entonces controladas por la Orden de Calatrava y llegaron hasta las proximidades de Toledo, donde se refugiaron los combatientes cristianos que habían sobrevivido a la batalla. Desestabilizó al Reino de Castilla durante años. Todas las fortalezas de la región cayeron en manos almohades:Malagón, Benavente, Calatrava, Caracuel, etc., y el camino hacia Toledo quedó despejado. Afortunadamente paraCastilla, Abu Yusuf volvió a Sevilla para restablecer sus numerosas bajas y tomó el título de al-Mansur Billah (el victorioso por Alá).
En los dos años siguientes a la batalla, las tropas de al-Mansur devastaron Extremadura, el valle del Tajo, La Mancha y toda el área cercana a Toledo, marcharon contra Montánchez, Trujillo, Plasencia, Talavera, Escalona y Maqueda, pero fueron rechazadas por Pedro Fernández de Castro "el Castellano", que tras la batalla pasó a servir al rey Alfonso IX de León, quien le nombró su Mayordomo mayor. Estas expediciones no aportaron más terreno para el Califato. Aunque su diplomacia obtuvo una alianza con el rey Alfonso IX de León (que estaba enfurecido con el rey castellano por no haberle esperado antes de la batalla de Alarcos) y la neutralidad de Navarra, ambos pactos temporales. Abū Yūsuf abandonó sus asuntos en al-Ándalus volviendo enfermo al norte de África, donde acabaría muriendo.
En un golpe de mano de los caballeros calatravos, sólo el castillo de Salvatierra, junto a Sierra Morena, pudo ser recuperado (1198) en los diecisiete años en los que la zona estuvo en poder almohade. Quedó como una posición aislada castellana en territorio almohade, hasta que fue tomado por éstos en 1211.
Sin embargo, las consecuencias de la batalla demostraron ser poco duraderas cuando el nuevo Califa Muhammed al-Nasir intentó frenar el nuevo avance hispánico sobre al-Ándalus. Se decidió todo en la batalla de Las Navas de Tolosa que marcó un punto de inflexión en la Reconquista y el Imperio almohade se derrumbó pocos años después.