El caso es que a partir de la muerte de Almanzor en el 1002 , uno de los caudillos mas importantes cuyas incursiones llegaron hasta el mismo Santiago de Compostela, se sucedieron una serie de caudillos militares mediocres , que con sus enfrentamientos entre ellos dieron lugar a los reinos de taifas, distintos reinos musulmanes que no tenían ya suficiente fuerza para enfrentarse a los reinos cristianos .Desde entonces cambia el signo de las batallas ganando terreno los cristianos a los cuales tienen que pagar tributos los reinos de taifas. La segunda invasión de la península desde el norte de África tiene lugar a partir del 1086 con el desembarco de los almorávides, que habían surgido en las montañas del Atlas y que predicaban una vuelta a la pureza del Coran frente a la relajación de costumbres y el sometimiento de Al Alandalus, con sus distintas taifas, a los reinos cristianos. Predicaban la guerra santa , así después de ocupar el noroeste africano saltaron a la península. Consiguió unificar casi todo Al Alandalus y sus soldados , vestidos completamente de negro y al son de los tambores de piel de hipopótamo sembraban el terror entre las tropas cristianas. El mismo Alfonso VI estuvo a punto de perder la vida en la batalla de Sagrajas. Resumiendo , los almorávides al final terminaron relajando sus costumbres una vez estabilizada la situación .Viniendo de unas tierras secas al encontrarse en un territorio con verdes vergeles y abundante agua se acostumbraron a la vida muelle y disminuyó su ímpetu bélico.Así llegamos a la tercera invasión , la de otra tribu surgida del Atlas, los almohades, que al igual que sus predecesores antes de la invasión predicaban las reglas mas estrictas del Coran.Llearon a la península en 1160 e inmediatamente empezaron a guerrear con los cristianos consiguiendo importantes victorias , la principal la de Alarcos en 1195 donde derrotaron al rey castellano Alfonso VIII, el mismo protagonista de las Navas. Este rey había empezado a gobernar a los 3 años a la muerte de su padre Sancho III , pese a que su tío , el rey de León había intentado arrebatarle el trono confinandole en la villa de Atienza, de la cual le ayudaron a escapar los arrieros de la localidad. Ya de adulto se casó con Leonor de Aquitania, hermana de Ricardo Corazón de León.
La orden militar de Calatrava había sido fundada por su padre para defender las tierras de Sierra Morena de las incursiones musulmanas. Su fortaleza principal era el castillo de Salvatierra, junto al de Calatrava, cerca de Almagro.
El caso es que las tropas extranjeras pronto se retiraron de la lucha dejando solos a los reinos españoles. Por desavenencias con la estrategia de Alfonso VIII y los cristianos peninsulares. Las desavenencias empezaron desde el principio al acantonar las tropas extranjeras a las afueras de Toledo, previsor Alfonso VIII de la falta de costumbre de los cruzados llegados de convivir con las otras culturas en un clima de tolerancia como ocurría en Toledo donde convivían cristianos, musulmanes y judíos. A pesar de la precaución del rey los cruzados entraron en la ciudad y asaltaron la judería produciendo una matanza.La siguiente se produjo al llegar a la fortaleza de Malagón , cuyos defensores ofrecieron entregar la plaza a cambio de sus vidas, pero los cruzados se negaron a negociar y pasaron a la población a cuchillo. No pudo llegar Alfonso VIII a tiempo , pero si lo hizo a la siguiente plaza, a la fortaleza de Calatrava , donde negocio y consiguió la rendición dejando salir con vida a sus defensores. Los extranjeros incapaces de comprender esta generosidad y hartos de las penalidades se marchan , suponían aproximadamente un tercio de los ejércitos cristianos, con lo que dejan a estos en una difícil situación. Sobre el número de participantes hay distintas cifras , quizás la mas cercana es de unos 130.000 cristianos frente a 250.000 musulmanes. Estos últimos estaban convencidos de su superioridad y su caudillo , Al Nasir , acampó en medio de sus tropas en una tienda fastuosa con tejidos de hilo de oro y recamada con piedras preciosas. Estaba protegida por un circulo de esclavos negros que estaban unidos por cadenas para evitar su fuga en caso de ser atacada la tienda.Los dos ejércitos estaban al acecho , frente a frente sin atreverse ninguno a dar el primer paso, cuando llego al campamento cristiano un pastor que dijo conocer un atajo para poder situarse a las espaldas de los ejércitos musulmanes.Como señal del camino encontrarían la osamenta de una res, el rey mando una avanzadilla que efectivamente encontró en el camino los huesos indicados por lo que el oficial al mando de este grupo recibió el apellido de Cabeza de Vaca , sus descendientes jugarían un papel importante en la conquista de America.El ejercito castellano atravesó esa noche el paso de la sierra a través de los pequeños valles (las navas) , fueron vistos por el ejercito enemigo, pero estos pensaron que se retiraban y no hicieron nada. Así por sorpresa a la mañana siguiente cayeron los castellanos por su retaguardia y los aragoneses y navarros de frente.Al Nasir huyó dejando a su familia junto a todas las riquezas de su tienda. El rey de Navarra atacó personalmente la misma saltando por encima de las lanzas de los negros encadenados, desde entonces como recuerdo de esta hazaña se unió al rojo de la bandera navarra las cadenas.El llamado pendón de las Navas que está expuesto en el monasterio de las Huelgas , en Burgos , es en realidad un fragmento de la ricas telas de la puerta de la tienda de campaña de Al Nasir.Como colofón de esta victoria una vez regresadas las tropas castellanas con el rey a Madrid, que desde su conquista en 1085 por Alfonso VI solo era una villa a la que aveces se retiraban los reyes a descansar,coincidió su llegada con el descubrimiento de un cadáver incorrupto de Isidro, un labrador madrileño contemporáneo de Alfonso VI, que era tenido por santo en la villa. Al realizar unas obras en la parroquia de San Andres, donde estaba sepultado , se tuvo que sacar el cadáver , y según los testimonios éste estaba como si acabase de morir y exhalando una deliciosa fragancia. El rey Alfonso VIII al tener conocimiento de estos hechos quiso ver el cuerpo , y al hacerlo creyó reconocer al pastor que les había indicado el camino para llevar las tropas a espaldas de los musulmanes.Naturalmente mando construirle un arca de maderas nobles con pinturas sobre la vida de Isidro , pero fue mucho después cuando Isidro fue canonizado, en 1622, en el mismo lote que Ignacio de Loyola, Francisco Javier y Santa Teresa de Jesús.