En los orígenes mas inmediatos podemos recordar que el rey persa Dario , que ya tenía bajo su control a varias ciudades en la costa de Anatolia , envió en el año 491 embajadores a las ciudades estado griegas con un regalo simbólico de tierra y agua que estas debían devolver en señal de sometimiento. Algunas como la isla de Egita se sometieron para evitar la guerra con un estado tan poderoso como Persia, pero las principales ciudades, como Atenas y Esparta se negaron , en Atenas los embajadores fueron ejecutados lanzandolos al foso donde ejecutaban a los criminales.
Dario preparó una expedición de castigo que reunió en Cilicia y ordeno a sus súbditos jonios preparar una gran flota y aportar soldados y remeros. Las cifras que se dan en los historiadores de la época suelen ser exageradas, lo mas probable es que fueran unos 25.000 soldados y una flota de 600 barcos, importante pero no suficiente para una invasión. En realidad se pretendía establecer una cabeza de puente en la Grecia continental para desde esa base llevar a cabo después una autentica invasión.
Artáfranes se quedó con un pequeño contingente en Eubea mientras Datis con el resto de las tropas se dirigió al Ática, desembarcando en Maratón que ademas de ser el punto practicable mas cercano a Eretria tenía la ventaja de que en su amplia llanura el ejercito persa podría desplegarse. Con los persas iba Hipias, hijo del tirano Pisistrato, a quien los persas pensaban reinstaurar en el poder en Atenas.
Los atenienses lograron reunir un ejercito de 9.000 hombres a los que se sumaron unos 600 hoplitas de sus aliados de Platea. Al llegar a Maratón acamparon en una zona elevada desde la que tener alguna ventaja ante la superioridad numérica de los persas. Estos por su parte preferían también esperar a que los atenienses bajasen para poder ellos desplegar todas sus tropas en la llanura, pero el tiempo corría en su contra ya que podían quedarse sin suministros.
Los atenienses mientras tanto estaban divididos sobre la estrategia a seguir. De los diez generales que dirigían el ejercito (uno por cada tribu) la mitad quería esperar a que se moviesen los persas y la otra mitad querían atacar por que por una parte la presencia de Hipias en las filas persas podía animar a muchos favorables al hijo de Pisistrato, y por otra la presencia de un ejercito tan poderoso podía ir minando la confianza de los soldados atenienses. El caso es que ante este empate el polemarca Calímaco decidió el desempate votando por el ataque .
Así pues por la mañana los atenienses iniciaron su ataque sobre las tropas persas, según algunos historiadores los soldados jonios en las filas persas les habrían informado de que algunas secciones del ejercito persa, incluida la caballería , estaban embarcados para atacar Atenas por mar. Los persas desplegaron sus tropas y los atenienses reforzaron las alas para no verse desbordados.
Las tropas que quedaron al mando de Datis se dirigieron con los barcos rumbo a Atenas , pero los griegos al darse cuenta de la maniobra envían a Filipides , su corredor mas rápido, para anunciar la victoria y alertar a la ciudad de la próxima llegada de los barcos persas, recorre los 42 Km en aproximadamente 2 horas, (aunque según los historiadores esto es solo una leyenda, Filipides solo recorrió la distancia de Maratón a Esparta para pedir ayuda). Mientras las tropas marcharon a marchas forzadas y lograron llegar a Atenas antes de que los persas pudiesen atacar la ciudad, los atenienses se habían hecho pasar por soldados a todos los habitantes para que Datis pensara que la ciudad estaba fuertemente guarnecida de tropas. Datis no tuvo mas remedio que poner rumbo de nuevo a Asia Menor para anunciar su derrota definitiva. Así acababa esta primera batalla que no sería la última ya que la guerra iba a continuar por mucho tiempo. Por su parte los espartanos que iban a reforzar a las tropas griegas llegaron a Maratón al día siguiente de la batalla, una vez terminadas sus fiestas religiosas y pasados 6 días de la petición de ayuda, con lo cual finalmente su ayuda no fue necesaria.